Visualisasi Pohon Filogenetik Berbasis Web menggunakan Metode Circular Tree Drawing Algorithm

Abstract

Pohon filogenetik merupakan model dari sejarah evolusi dan hubungan evolusi dari berbagai organisme berdasarkan persamaan atau perbedaan karakteristik. Visualisasi pohon filogenetik merupakan aspek penting dalam analisis filogeni. Visualisasi yang baik akan memberikan analisis dan interpretasi data yang baik. Tujuan penelitian ini adalah membangun aplikasi berbasis web untuk memvisualisasikan pohon filogenetik. Data yang digunakan berformat Newick. Penelitian ini fokus pada visualisasi dengan menggunakan metode circular tree drawing algorithm. Algoritme diimplementasi dalam bahasa JavaScript. Diawali dengan inisialisasi, postorder traversal, dan preorder traversal untuk menghitung koordinat. Koordinat hasil algoritme berada pada rentang -1–1. Perlu dilakukan perbesar dan translasi agar visualisasi dapat terlihat. Pohon di-render dalam fitur Scalable Vector Graphics (SVG) dengan bantuan library Raphaёl. Label untuk setiap leaf ditempatkan di sekeliling lingkaran dan dirotasi agar mudah dibaca. Pengujian telah berhasil dilakukan untuk melihat hasil render untuk data terbesar dengan 163 nodes, 82 leaves, serta data terkecil dengan 5 nodes dan 3 leaves.