| dc.description.abstract | Dalam rangka mendukung pemenuhan kebutuhan pangan yang semakin
meningkat maka berbagai varietas padi toleran cekaman lingkungan baik biotik
maupun abiotik telah banyak dihasilkan, salah satunya adalah varietas padi toleran
cekaman Fe. Varietas ini ditargetkan untuk dapat dibudidayakan di lahan-lahan
marjinal (sub optimal) seperti di lahan-lahan rawa. Keracunan Fe adalah salah satu
faktor pembatas bagi pertumbuhan dan produksi padi di lahan rawa. Di samping
daya adaptasi dan tingkat produktivitas, kualitas mutu beras adalah target penting
dalam perakitan galur padi unggul. Oleh karena itu, mutu beras juga menjadi bahan
pertimbangan bagi pemulia tanaman. Program pemuliaan pada umumnya ditujukan
untuk mendapatkan varietas unggul yang memiliki potensi hasil tinggi, Namun,
varietas unggul yang dihasilkan seringkali kurang dapat diterima oleh petani
maupun konsumen karena mutu beras yang dihasilkan kurang sesuai dengan yang
diinginkan.
Mutu beras dapat dilihat dari sifat fisikokimia yang meliputi ukuran, bentuk,
tekstur, warna, aroma dan rasa. Sifat fisikokimia dipengaruhi oleh kandungan pati
dalam endosperm yang ditentukan oleh amylose content (AC) dan gel consistency
(GC). Perkembangan teknologi menggunakan marka molekuler untuk seleksi sifatsifat
unggul pada tanaman sudah banyak dilakukan, salah satunya untuk membantu
seleksi karakter mutu beras. Marka fungsional seperti SSR (Simple Sequence
Repeat), STS (Sequence Taq Sites), SNP (Single Nucleotide Polymorphism), dan
Indel yang berasosiasi dengan sifat fisikokimia beras telah banyak dikembangkan.
Marka-marka tersebut dapat digunakan untuk membantu dalam seleksi mutu beras
pada galur-galur padi toleran cekaman Fe. Penelitian ini bertujuan mengevaluasi
marka SSR, STS, SNP, dan Indel untuk seleksi karakter mutu beras pada galurgalur
harapan padi toleran cekaman Fe berdasarkan analisis phenotyping dan
genotyping.
Tiga puluh galur toleran cekaman Fe dan lima varietas tetua (kontrol) yaitu
IR64 (pulen), Inpara 3 (pera), Inpara 2 (pulen), IR42 (pera), dan Mashuri (pulen)
digunakan untuk analisis phenotyping keragaman karakter mutu fisik gabah dan
beras serta mutu fisikokimia dan organoleptik. Tiga puluh galur dan lima varietas
yang sama juga digunakan untuk analisis genotyping menggunakan 19 primer dari
empat tipe marka yaitu SSR, STS, SNP, dan Indel. Data-data fenotipe dan genotipe
yang diperoleh selanjutnya digunakan untuk analisis asosiasi menggunakan
perangkat lunak Tassel 2.0. Marka molekuler yang berasosiasi signifikan dengan
nilai p_Value < 0.05 menunjukkan bahwa marka tersebut berasosiasi dengan
karakter mutu beras pada galur-galur padi toleran cekaman Fe.
Hasil analisis fenotipe (phenotyping) terhadap karakter mutu fisik dan mutu
tanak beras, menunjukkan bahwa 30 galur yang dianalisis memiliki nilai mutu yang
cenderung mendekati nilai tetua kontrolnya, sebagian besar berada di dalam
kelompok mutu IV pada mutu fisik beras, memiliki kadar amilosa rendah hingga
tinggi, dan tergolong ke dalam tekstur nasi pulen hingga pera. Dari 30 galur toleran
cekaman Fe, didapatkan 16 galur yang memiliki sifat yang sama dengan tetua
kontrol berdasarkan kadar amilosa dan tekstur nasinya. Analisis molekuler
menghasilkan 14 marka yang polimorfis. Hasil analisis asosiasi antara data
genotipe dan fenotipe (mutu beras) menunjukan bahwa 10 dari 14 marka polimorfis
yang secara signifikan terkait dengan mutu beras. Di antara empat tipe marka yang
digunakan, tipe marka yang paling banyak berasosiasi secara signifikan dengan
empat karakter mutu beras adalah STS, kemudian diikuti dengan SSR dan Indel.
Kesepuluh marka molekuler yang signifikan tersebut berpotensi sebagai marka
untuk seleksi karakter mutu beras dari galur-galur unggul yang dihasilkan melalui
program pemuliaan. | id |
