Simulasi Refolding Protein 2PTL menggunakan Not Just Another Molecular Dynamics Program (Namd).
View/ Open
Date
2016Author
Fitriani, Nurika
Sumaryada, Tony Ibnu
Wahyudi, Setyanto Tri
Metadata
Show full item recordAbstract
Memahami bagaimana proses unfolding dan refolding protein masih menjadi
tantangan utama dalam ilmu kehidupan. Salah satu protein yang dapat diamati yaitu
protein 2PTL. Protein 2PTL membantu Peptostreptococcus magnus menghindari
pertahanan inang melalui sifat pengikatan protein melalui interaksi rantai ringan kappa.
Pada penelitian ini dilakukan simulasi dinamika molekul untuk protein 2PTL pada
temperatur 500K selama 15 ns untuk simulasi unfolding dan temperatur 200K selama 30
ns untuk simulasi refolding. Dari penelitian ini diperoleh proses unfolding terjadi pada
waktu 6.5 ns. Secara geometri, hasil analisis RMSD pada 500K meningkat hingga 7.059Å
dan pada 200K mengalami penurunan sebesar 2.683Å. Tingkat kemiripan asam amino
proses unfolding dengan struktur native sebesar 36.78%. Setelah dilakukan proses
refolding pada 200K dilakukan juga pengecekan tingkat kemiripan asam amino dengan
struktur native sebesar 62.264%.
Collections
- UT - Computer Science [2322]