Analisis DNA Barcode Potensial Durian (Durio spp.) dan Langsat (Lansium spp.) pada Lahan Agroforestri di Berau, Kalimantan Timur.

Abstract

Sumberdaya alam hayati tumbuhan yang ada di Berau, Kalimantan Timur, dapat dimanfaatkan secara berkelanjutan, diantaranya yang penting adalah pohon penghasil buah seperti durian dan langsat. Informasi jenis tumbuhan tersebut yang memegang penting secara ekonomi dan ekologis perlu diketahui guna mendukung upaya konservasi dan pemanfaatannya. Secara tradisional pengenalan jenis dilakukan berdasarkan identifikasi karakter morfologi yang sering menimbulkan kebingungan kepastian jenis, sehingga diperlukan upaya pendukung untuk mengidentifikasi jenis-jenis tersebut dengan tepat dan akurat yaitu salah satunya dengan metode DNA barcode. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi jenis berdasarkan analisis morfologi daun, dan analisis DNA barcode potensial menggunakan region matK, rbcL, dan ITS. Metode yang dilakukan, yaitu pengambilan sampel daun, karakteristik morfologi daun, ekstraksi DNA (CTAB), PCR, serta sekuensing DNA. Hasil penelitian menunjukkan bahwa variabel panjang lamina (PL), lebar daun (LD), panjang lebar daun terlebar (LP), jumlah tulang daun (JT), luas daun (LS) dan keliling daun (KL) dapat dijadikan penciri dari kedua jenis Lansium spp., sedangkan pada Durio spp. masing-masing variabel mencirikan kelima jenis Durio spp. tersebut. Lokus rbcL dan matK berhasil diamplifikasi dan disekuensing mencapai 100%, sedangkan ITS hanya mampu diamplifikasi 86% dan disekuensing 43%. Lokus matK memiliki rata-rata sekuen terpanjang, baik Durio spp. maupun Lansium spp. Ketiga lokus memiliki nilai jarak intra lebih kecil dibandingkan nilai interspesifik, namun pada distribusi Kimura 2-Parameter (K2P) belum mampu memperlihatkan adanya barcoding gap. Berdasarkan pohon filogeni lokus matK mampu mengelompokkan sampel penelitian, data pembanding (NCBI) dan data out group (OG).