| dc.description.abstract | Udang vaname Pasifik (Litopenaeus vannamei) merupakan udang hasil introduksi yang berkembang baik dan memasyarakat di Indonesia sebagai spesies udang budidaya alternatif selain spesies udang lokal, udang windu (Penaeus monodon) dan udang jerbung (P. merguensis). Saat ini udang vaname telah dibudidayakan secara komersil hampir di seluruh propinsi di Indonesia.
Penyakit myonecrosis menjadi satu di antara empat penyakit virus signifikan yang menyerang industri budidaya udang vaname di Indonesia: taura syndrome virus (TSV), white spot syndrome virus (WSSV), infectious myonecrosis virus (IMNV), dan infectious hypodermal and hematopoietic necrosis virus (IHHNV). Wabah myonecrosis pada udang vaname berkontribusi pada turunnya produksi udang di Indonesia dan dunia. Myonecrosis disebabkan oleh infectious myonecrosis virus yang termasuk ke dalam famili Totiviridae, berbentuk icosahedral, diameter 40 nm, merupakan virus dsRNA dengan panjang 8223 – 8230 bp. Pola infeksi IMNV bersifat persisten, kronis dan progresif. Deteksi IMNV dini secara molekuler diperlukan untuk penanganan lebih lanjut untuk mencegah kerugian dan penyebaran penyakit yang lebih luas.
Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi secara dini menggunakan metode real time PCR (qRT-PCR) dan menduga prevalensi IMNV di Banten serta karakterisasi molekuler isolat IMNV lapang Banten. Penelitian dilakukan pada bulan Maret – Juni 2015. Pengambilan sampel dilakukan di 24 tambak aktif di empat sentra budidaya udang vaname di Propinsi Banten.
Deteksi IMNV pada sampel subklinis menunjukkan metode qRT-PCR mampu mendeteksi secara dini infeksi myonecrosis pada udang vaname. Delapan sampel menunjukkan hasil positif IMNV dengan jumlah salinan 3.44 – 24.72 salinan IMNV/μl. Limit deteksi qRT-PCR hingga <101salinan/μl sedangkan metode RT-PCR memiliki limit deteksi 102 – 103 salinan/μl.
Prevalensi IMNV secara keseluruhan di Propinsi Banten adalah 33.3% sedangkan prevalensi di masing-masing sentra budidaya udang vaname yaitu Kota Serang 0%, Kabupaten Serang 0%, Kabupaten Tangerang 14.3% dan Kabupaten Pandeglang 100%. Hasil pairwise comparison sekuens nukleotida parsial ORF1 (fragmen 740 – 1118) isolat Brazil dan isolat lapang Banten memiliki persentase kemiripan 97.9 – 99.2% dan sekuens asam amino menunjukkan persentase kemiripan 99.2 –100%. Hasil pairwise comparison isolat Indonesia dan isolat lapang Banten memiliki persentase kemiripan 98.9 – 99.7% dan sekuens asam amino menunjukkan persentase kemiripan 98.4 –100%. Percabangan pohon filogenetik menunjukkan bahwa telah terjadi diversifikasi genetik antara IMNV Indonesia dan Brazil. Analisis filogenetik juga menunjukkan terjadi variasi pada isolat Indonesia yang masing-masing berkembang membentuk cabang tersendiri terpisah dari kelompok isolat Brazil. | id |
