Analisis Molekuler Fusarium Species Complex Dari Beberapa Daerah Di Indonesia Berdasarkan Sekuen Dna Daerah Its Rdna Dan Gen Ef- 1α.

Abstract

Fusarium merupakan salah satu cendawan yang bersifat patogen atau endofit pada beragam inang atau hidup sebagai saprob. Fusarium dibangun oleh Link pada tahun 1809. Hingga akhir tahun 1980-an spesies Fusarium dikenali melalui ciri morfologinya. Ciri morfologi mencakup ciri koloni dan ciri mikroskopisnya pada media tumbuh tertentu. Secara mikroskopis, Fusarium dicirikan oleh adanya makrokonidia, mikrokonidia, klamidospora, konidiofor, dan sel konidiogen. Seiring dengan perkembangan teknologi, spesies Fusarium diidentifikasi dengan menggunakan pendekatan molekuler, salah satunya ialah teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) pada marka molekuler tertentu. Di Indonesia umumnya spesies Fusarium diidentifikasi dengan pendekatan morfologi. Identifikasi secara molekuler sudah dilakukan namun identitas ditetapkan sebatas pencarian BLAST yang tersedia pada GenBank. Identifikasi tidak dilengkapi dengan analisis filogenetik. Oleh sebab itu, penelitian ini bertujuan menganalisis keragaman dan hubungan kekerabatan beberapa Fusarium species complex asal Indonesia koleksi Institut Pertanian Bogor Culture Collection (IPBCC) dengan menggunakan gen ITS rDNA dan EF-1α. Identifikasi secara molekuler dilakukan dengan analisis filogenetik berdasarkan data sekuen DNA dari daerah ITS rDNA dan gen EF-1α dengan menggunakan metode Maximum Likelihood (ML). Sekuen DNA Fusarium hasil amplifikasi daerah ITS rDNA dan gen EF-1α selanjutnya didepositkan pada database GenBank. Berdasarkan analisis filogenetik sekuen DNA daerah ITS rDNA, 41 galur Fusarium pada penelitian ini diklasifikasikan ke dalam 5 species complex monofiletik, yaitu F. decemcellulare species complex (FDSC), F. graminearum species complex (FGSC), F. oxysporum species complex (FOSC), F. solani species complex (FSSC), dan F. tricinctum species complex (FTSC), serta ke dalam F. fujikuroi species complex (FFSC) yang polifiletik. Berdasarkan hubungan kekerabatannya dengan sekuen spesies rujukan, satu galur diidentifikasi sebagai F. cerealis, 5 galur F. decemcellulare, 16 galur F. oxysporum, 9 galur F. solani, dan 10 galur tidak dapat diidentifikasi ke tingkat spesies. Diantara 41 galur yang dipelajari, gen EF-1α hanya dapat diamplifikasi dari 11 galur. Hasil analisis filogenetik gen EF-1α mendukung hasil analisis filogenetik daerah ITS. Galur-galur yang sebelumnya diidentifikasi sebagai F. cerealis, F. decemcellulare, F. oxysporum, F. solani, memiliki identitas yang sama pada analisis filogenetik gen EF-1-nya Beberapa galur yang sebelumnya tidak teridentifikasi sampai dengan spesies, dapat diberi nama spesies yaitu F. ambrosium, F. concentricum, dan F. verticillioides. Analisis filogenetik juga menunjukkan tidak adanya spesifisitas inang dari spesies Fusarium yang dianalisis. Fusarium pada tingkat spesies dan Fusarium pada tingkat species complex dapat memiliki berbagai strategi hidup, yaitu saprob, endofit, dan patogen.