Pengaruh Variasi Temperatur Unfolding Terhadap Trayektori Refolding Protein 1gb1.

Abstract

Protein 1GB1 adalah jenis protein immunoglobulin dari Streptococcus kelompok G yang berfungsi membantu organisme menghindari pertahanan inang. Proses unfolding dan refolding protein penting untuk dipelajari. Penelitian ini bertujuan mempelajari dan membandingkan trayektori proses unfolding dan refolding protein 1GB1 akibat pengaruh suhu. Proses unfolding dilakukan pada suhu 500 K dan 525 K selama 2 ns. Koordinat dari unfolding dijadikan masukan awal simulasi refolding selama 20 ns pada suhu 200 K. Metode simulasi dinamika molekul dimulai dengan preparasi, minimisasi, pemanasan atau pendinginan, ekuilibrasi dan production run. Protein 1GB1 dapat terdenaturasi dengan cepat pada suhu yang lebih tinggi yaitu 525 K dalam waktu 162 ps. Protein native yang telah terdenaturasi dapat kembali ke struktur awalnya melalui proses refolding, menghasilkan bentuk konformasi dan kesesuaian urutan residu antara struktur protein native dengan hasil simulasi yang berbeda, untuk suhu 500 K memiliki kesesuaian sebesar 85.71 %, sedangkan untuk suhu 525 K sebesar 73.21 %. Proses unfolding dan refolding protein 1GB1 memiliki trayektori yang berbeda.