| dc.description.abstract | Kopi merupakan tanaman perkebunan yang memiliki potensi ekspor yang
cukup tinggi. Sebelum abad 19, Indonesia merupakan negara penghasil kopi
terbesar di dunia setelah Brazil, namun saat ini produksi terus menurun dan telah
tergeser oleh negara lain. Salah satu faktor penyebabnya adalah serangan
nematoda luka akar Pratylenchus coffeae. Penurunan produksi akibat nematoda
tersebut mencapai 28.7-78.4% pada kopi Robusta dan pada kopi Arabika, tanaman
hanya dapat bertahan selama dua tahun. Upaya pengendalian terhadap P. coffeae
telah dilakukan di antaranya secara kultur teknis, penggunaan bahan tanam tahan,
kimiawi dan pengendalian biologis. Salah satu teknik pengendalian biologi adalah
dengan pemanfaatan bakteri endofit. Penelitian mengenai eksplorasi dan
penggunaan bakteri endofit pada tanaman kopi sebagai agens pengendali
nematoda P. coffeae belum banyak dilakukan. Penelitian bertujuan memperoleh
isolat tunggal maupun konsorsium bakteri endofit asal tanaman kopi yang efektif
untuk mengendalikan nematoda luka akar P. coffeae dan memacu pertumbuhan
tanaman.
Ruang lingkup penelitian meliputi: 1) isolasi bakteri endofit dari bagian akar,
batang dan daun sehat tanaman kopi untuk memperoleh isolat tunggal dan
konsorsium; 2) penapisan bakteri endofit melalui uji hipersensitif dan hemolisis;
3) pengelompokan isolat tunggal bakteri endofit menurut golongan pseudomonad
fluoresen, Bacillus, Aktinomiset dan bukan ketiganya; 4) penyiapan inokulum P.
coffeae; 5) uji in vitro bakteri endofit terhadap mortalitas P. coffeae dan pemacuan
pertumbuhan tanaman; 6) karakterisasi bakteri endofit mencakup pengujian
aktivitas hidrolisis (kitinolitik, proteolitik, dan lipolitik), produksi HCN,
kemampuan pelarutan fosfat (P), penambatan nitrogen (N2); 7) uji potensi bakteri
endofit dalam menekan populasi P. coffeae dan memacu pertumbuhan tanaman di
rumah kaca; dan 8) identifikasi secara molekuler dengan sekuensing gen 16S
rRNA terhadap 2 isolat tunggal terbaik di rumah kaca.
Hasil isolasi diperoleh 264 isolat tunggal dan 27 konsorsium bakteri endofit.
Hasil seleksi melalui uji hipersensitif dan hemolisis, diperoleh 78 isolat tunggal
dan 9 konsorsium bakteri endofit yang tidak bersifat patogen terhadap tumbuhan
dan mammalia. Pengujian in vitro menunjukkan bahwa sebanyak 77 dari 78 isolat
tunggal dan 9 konsorsium dapat menekan nematoda P. coffeae dengan persentase
mortalitas nematoda antara 6.7-100%, dan 16.7-65.8%. Hasil uji pemacuan
pertumbuhan diperoleh sebanyak 16 isolat tunggal (19.5%) yang memacu
pertumbuhan batang dan 13 isolat tunggal (16.9%) mampu memacu pertumbuhan
akar. Konsorsium bakteri endofit yang dapat memacu pertumbuhan batang
sebanyak 6 konsorsium (60%) dan memacu pertumbuhan akar sebanyak satu
konsorsium (10%). Berdasarkan seleksi awal tersebut dipilih 23 isolat tunggal dan
4 konsorsium bakteri endofit untuk karakterisasi fisiologis. Dua puluh tiga isolat
tersebut terdiri atas 9 isolat yang mampu menekan P. coffeae saja, 10 isolat
memacu pertumbuhan batang dan/atau akar, dan 4 isolat dapat menekan P. coffeae
serta memacu pertumbuhan tanaman. Bakteri endofit konsorsium terseleksi
sebanyak 4 konsorsium, terdiri atas satu konsorsium yang mampu menekan
populasi P. coffeae saja, satu konsorsium dapat memacu pertumbuhan saja, serta 2
konsorsium yang mampu menekan P. coffeae dan memacu pertumbuhan tanaman.
Berdasarkan karakterisasi fisiologis, diperoleh: 1) isolat tunggal bakteri
endofit C939A31 memiliki kemampuan aktivitas proteolitik, kitinolitik, lipolitik,
dan fiksasi N2, serta kemampuan menekan P. coffeae 66.7%; C939A32 memiliki
kemampuan aktivitas lipolitik, pelarutan P dan fiksasi N2, serta kemampuan
menekan P. coffeae 100%; I308A32 memiliki kemampuan aktivitas proteolitik,
lipolitik, pelarutan P dan fiksasi N2, serta kemampuan menekan P. coffeae 77.9%;
2) konsorsium bakteri endofit K6 memiliki kemampuan aktivitas proteolitik,
kitinolitik, lipolitik, produksi HCN dan fiksasi N2, serta kemampuan menekan P.
coffeae 65.8%; K8 memiliki kemampuan aktivitas proteolitik, kitinolitik, lipolitik,
produksi HCN dan fiksasi N2, serta kemampuan menekan P. coffeae 43.1%; K15
memiliki kemampuan aktivitas proteolitik, kitinolitik, lipolitik, produksi HCN,
pelarutan P dan fiksasi N2, serta kemampuan menekan P. coffeae 43.3%.
Hasil pengujian di rumah kaca menunjukkan bahwa isolat tunggal terbaik
yang dapat memacu pertumbuhan dan menekan populasi P. coffeae sebesar 62
dan 69.1% adalah isolat C939A31 dan C939A32, sedangkan konsorsium bakteri
endofit terbaik yang mampu memacu pertumbuhan kopi dan menekan populasi P.
coffeae sebesar 83 dan 92.4% adalah konsorsium K8 dan K15. Identifikasi gen
16S rRNA menunjukkan bahwa isolat C939A31 memiliki kemiripan dengan
Ochrobactrum intermedium DSQ5 dan C939A32 dengan Klebsiella oxytoca
NGB-FR 50. | id |
