| dc.description.abstract | Penggunaan benih bermutu merupakan salah satu faktor penentu keberhasilan produksi pertanian karena mampu meningkatkan produksi dan mengurangi adanya permasalahan penyakit di lapangan. Masuknya benih ke suatu negara melalui kegiatan impor berpotensi menjadi sarana masuknya patogen baru, sehingga perlu dilakukan deteksi dan identifikasi terhadap benih tersebut. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi dan mengidentifikasi patogen terbawa benih Brassicaceae (kubis-kubisan) dan menententukan patogenisitasnya. Pada penelitian ini contoh benih kubis bunga (Brassica oleracea var. italica) asal Amerika Serikat dan benih sawi hijau (B. rapa var. parachinensis), kubis cina (B. rapa f. annua), pakchoy putih (B. rapa subsp. chinensis) dan pakchoy (B. rapa subsp. chinensis) asal Malaysia diiuji menggunakan metode blotter test dengan sterilisasi permukaan maupun tanpa seterilisasi permukaan. Total infeksi cendawan pada benih tanpa sterilisasi permukaan yaitu Aspergillus hitam sebesar 2.4%, Curvularia 1.2%; Aspergillus hijau 1%; Phoma 0.4%; Chaetomium 0.2% dan juga ditemukan gejala bercak cokelat dan gejala bercak kebasahan dengan total kejadian masing-masing 7.8%; dan 5.6%. Pada benih tanpa sterilisasi permukaan infeksi cendawan secara berurutan yaitu Aspergillus hijau 2.8%; Aspergillus hitam 0.6%; Curvularia 0.4%; selain itu juga ditemukan gejala berupa bercak berwarna cokelat 10.2% dan bercak kebasahan 4.2% yang masing-masing disebabkan oleh bakteri. Bakteri yang berasosiasi pada daun yang bergejala bercak cokelat dan bercak kebasahan diisolasi dengan merendam daun tersebut di dalam air steril. Oose bakteri yang terdifusi pada air steril selanjutnya digores pada media untuk mendapatkan biakan murni bakteri. Sebanyak 23 isolat bakteri yang ditemukan selanjutnya diuji respons hipersensitif (HR) dan diperoleh hanya 5 isolat yaitu 3.3, 5.2, 9.1, 9.2, dan 11.1.P yang menginduksi HR yang berasal dari daun kecambah yang bergejala bercak cokelat. Kelima isolat bakteri ini selanjutnya digunakan untuk uji patogenisitas. Uji patogenisitas terhadap tiga belas isolat cendawan terbukti mampu menyebabkan infeksi antara 93.8-100% terhadap benih dan kecambah. Gejala infeksi berupa benih mati tidak berkecambah, benih berkecambah dan mengalami nekrosis dan benih berkecambah lalu mati. Hal ini menunjukkan bahwa cendawan tersebut berpotensi sebagai patogen terhadap benih maupun kecambah Brassicaceae. Hasil identifikasi terhadap cendawan isolat Aspergillus hijau, Aspergillus hitam, Curvularia, Phoma dan Chaetomium masing-masing adalah Aspergillus flavus, A. niger, Curvularia lunata, Phoma lingam dan Chaetomium globosum. Phoma lingam merupakan organisme pengganggu tumbuhan karantina A2 yang sebelumnya dilaporkan hanya tersebar di Jawa Timur. Cendawan ini memiliki miselium aerial, berwarna krem atau kuning kecokelatan dan berubah menjadi cokelat kehitaman dengan bertambahnya umur cendawan, ditemukan piknidia pada benih atau biakan, berwarna cokelat, memiliki satu atau beberapa leher papilla yang mengeluarkan eksudat konidia berwarna merah muda, konidia berbentuk lonjong dengan 2 guttule pada kedua kutubnya. Uji patogenisitas terhadap lima isolat bakteri terhadap kecambah Brassicaceae terbukti mampu menyebabkan luka kebasahan atau luka berwarna cokelat pada daun kecambah yang diinokulasi buatan, baik yang menggunakan metode stubbing ataupun clipping dengan persentase infeksi sebesar 96-100%. Bakteri menyebabkan gejala nekrosis, busuk lunak dan luka kebasahan pada produk pascapanen Brassicaceae dengan persentase infeksi 56-78%. Reisolasi dilakukan terhadap daun kecambah (kotiledon) yang bergejala pada pengujian patogenisitas terhadap kecambah dan diperoleh bakteri dengan karakter koloni dan respons hipersensitif yang sama dengan bakteri yang digunakan untuk inokulasi. Isolat bakteri hasil reisolasi tersebut dimurnikan, selanjutnya bersama dengan isolat bakteri hasil isolasi diidentifikasi secara fenotipik dan genotipik. Hasil indentifikasi secara fenotipik terhadap isolat bakteri yang digunakan untuk inokulasi dan isolat bakteri hasil reisolasi menunjukkan bahwa seluruh isolat bakteri merupakan kelompok bakteri Gram positif, membentuk endospora, bersifat anaerobik fakultatif, bersifat oksidatif yang merujuk pada genus Bacillus. Pengujian secara genotipik terhadap isolat bakteri tersebut dilakukan dengan uji PCR menggunakan primer universal prokaryota 16S rRNA dan berhasil mengamplifikasi DNA bakteri pada ukuran 1500 bp. Selanjutnya amplikon disikuensing dan dianalisis menggunakan program BLAST. Hasil analisis menunjukkan bahwa isolat bakteri yang diuji adalah Bacillus pumilus dengan persentase homologi 94-99%. | id |
