Isolasi DNA dari Sampel Daging dan Sirip Delapan Spesies Ikan Laut untuk PCR-RFLP

Abstract

Penelitian ini bertujuan untuk membandingkan konsentrasi, tingkat kemurnian, visualisasi elektroforesis, dan penggunaan DNA hasil isolasi untuk polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) dari delapan spesies ikan laut. Sampel DNA yang diperoleh dari daging dan sirip ikan baronang (Siganus javus), kerapu (Epinephelus sp), ekor kuning (Caesionidae sp), kakap merah (Lutjanus campechanus), kurisi (Nemipterus nematophorus), kue (Caranx melampygus), bawal hitam (Parastromateus niger), dan selar (Selaroides leptolepis) diisolasi menggunakan metode presipitasi amonium asetat. Primer universal sitokrom b digunakan untuk mengamplifikasi mtDNA menggunakan PCR. Amplikon dipotong menggunakan enzim restriksi Hinf I. Hasil menunjukkan bahwa konsentrasi dan kemurnian DNA sampel daging dan sirip tidak berbeda nyata (P>0.05) yaitu berturut-turut 22.01±20.29 dan 1.44±0.27 untuk konsentrasi dan kemurnian DNA sampel daging, serta 52.86±41.37 dan 1.54±0.23 untuk konsentrasi dan kemurnian DNA sampel sirip. Sampel DNA ikan laut dapat diisolasi dari seluruh sampel daging dan sirip tetapi hanya satu sampel yaitu dari sirip ikan selar yang memiliki konsentrasi yang tinggi (150.50 ng/μl) dan kemurnian yang baik (rasio A260/280=1.91) serta menunjukkan hasil positif setelah PCR-RFLP dengan enzim Hinf I dan menghasilkan dua pita dengan ukuran 332 bp dan 27 bp.