Identifikasi dan Perunutan DNA mtCOI Kutukebul Subfamili Aleurodicinae yang Dikoleksi dari Ancol, Cipanas, dan Pameungpeuk

Abstract

Tiga spesies kutukebul Aleurodicus dispersus, Aleurodicus dugesii dan Paraleyrodes minei (Hemiptera: Aleyrodidae) termasuk subfamili Aleurodicinae yang ditemukan menyerang berbagai komoditas pertanian di Indonesia. Berdasarkan data genetika yang tersedia di situs GenBank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/), data molekuler ke tiga spesies kutukebul tersebut belum ada, khususnya yang berasal dari wilayah Indonesia. Penelitian ini dilakukan untuk mengidentifikasi dan mengetahui runutan nukleotida fragmen DNA mtCOI A. dispersus, A. dugesii dan P. minei yang dikoleksi dari Ancol (Jakarta), Cipanas (Cianjur) dan Pameungpeuk (Garut). DNA didapatkan dari ekstraksi imago kutukebul A. dispersus, A. dugesii dan P. minei. Amplifikasi DNA dilakukan dengan menggunakan PCR. Perunutan fragmen DNA mtCOI dilakukan dengan mengirim sampel hasil PCR ke PT Genetica Science Indonesia. Primer PCR yang digunakan ialah forward primer 5’-TTGATTTTTTGGTCATCCAGAAGT-3’ dan reverse primer 5’-TCCAATGCACTAATCTGCCATATTA-3’. Runutan nukleotida fragmen DNA mtCOI dianalisis dengan program Bioedit V 7.1.7. dan CLC Sequence Viewer V 6.7.1, disejajarkan dengan runutan nukleotida fragmen DNA mtCOI spesies kutukebul lain menggunakan program BLAST di situs Genbank. Runutan nukleotida fragmen DNA mtCOI A. dispersus Ancol memiliki nilai homologi sebesar 99.7% dengan A. dispersus India (JQ995239.1) dan China (JX566506.1). Runutan nukleotida fragmen DNA mtCOI A. dugesii Cipanas memiliki nilai homologi 99.5% dengan A. dugesii USA (AY521251.1). Di situs GenBank belum terdapat informasi runutan DNA kutukebul P. minei. Perunutan fragmen DNA mtCOI dengan menggunakan primer yang sama didapatkan runutan fragmen DNA mtCOI yang berbeda, yaitu A. dispersus 891 pb, A. dugesii 885 pb, dan P. minei 876 pb. Komposisi basa nukleotida A dan T masing-masing sampel tinggi, yaitu A. dispersus 76.09%, A. dugesii 78.19%, dan P. minei 72.95%.