Pemetaan Quantitative Trait Loci (QTL) sifat pertumbuhan pada populasi domba silang balik ekor tipis dan merino

Abstract

Penelitian dimaksudkan untuk mengestimasikan lokasi quantitative trait loci (QTL) dan gen kandidat sifat pertumbuhan pada domba. Sifat pertumbuhan yang diteliti yaitu berat lahir (BL), berat umur 90 (BB90), umur 180 (BB180), umur 270 (BB270) dan umur 360 (BB360) pada populasi domba. Empat keluarga acuan half-sib telah dirancang yang terdiri dari 381 ekor. Sebagain besar populasi didominasi oleh domba silang balik dari persilangan domba F1 jantan (persilangan domba Ekor Tipis Indonesia dan Merino) kemudian disilang balikkan dengan tetuanya (sejumlah Merino betina) dan sebagian populasi adalah F2. Penelitian ini memanfaatkan perbedaan penampilan berat badan antara domba ekor tipis dan Merino. Sebanyak 136 penciri mikrosatelit telah digunakan dalam perunutan genom yang mencakup 26 pasang kromosom autosomal. Analisis QTL dilakukan secara elektronik dengan perangkat lunak program QTL Express. Lokasi QTL, jarak QTL dan penciri apit (flanking markers) pada kromosom diperoleh dari basic analysis. Sedangkan significance threshold dilakukan dengan uji Permutate Experiment Wide dan Permutate Chromosome Wide pada taraf 5% (p<0.05) dan 1% (p<0.01). Identifikasi gen kandidat diperoleh dengan akses GenBank-NCBI. Hasil penelitian mengindikasikan keberadaan 15 lokasi QTL untuk sifat pertumbuhan yang dipelajari. Tiga dari 15 lokasi QTL menunjukan keberadaan QTL pada kromosom yang kuat (p<0.01), yaitu kromosom 5 untuk BL pada 112cM (88,8- 129,2cM), kromosom 7 untuk BB90 pada 8cM (0-46,9cM), untuk BB270 pada 76cM (46,9-105,8cM) dan untuk BB360 pada 80cM (46,9-105,8cM), dan kromosom 18 untuk BB180 pada 96cM (106,4-123,9cM), untuk BB270 dan BB360 pada 104cM (106,4-123,9cM). Lokasi QTL pada kromosom 18 tetap nyata (p<0.01) untuk BB360 dan juga untuk BB270 (p<0.05) mempertahankan pengaruhnya setelah uji experiment wide. Lokasi QTL pada kromsom 18 adalah terletak homolog dengan kromosom14 manusia pada rentangan 98,509 – 105,138 Mb. Sedangkan dua penciri pengapit (flanking markers) gen kandidat terletak pada kromosom 18 yaitu CSSM018 dan TMR1 atau AKT1. Gen kandidat sifat pertumbuhan yang teridentifikasi pada kromosom 5 yaitu gen CAST (Calpastatin), pada kromosom 7 adalah CAPN3 (Calpain3) dan SSTR1 (Somatostatin receptor1). Sementara pada kromosom 18, meskipun terdapat pengaruh kuat QTL untuk sifat pertumbuhan pada kromosom 18 namun belum ditemukan gen kandidatnya. Studi ini menunjukkan gen kandidat untuk sifat pertumbuhan berpeluang kuat berada pada kromosom 18 dan ditemukan tiga gen (CAST, CAPN3, SSTRl) berasosiasi dengan sifat kualitas daging.

This study was performed to map Quantitative Trait Loci (QTL) locations of growth traits and candidate genes. Traits considered were weight at birth, 90, 180, 270 and 360 days of age (BW, W[90], W[180], W[270], and W[360]) in Indonesia Thin Tail (ITT) and merino sheep populations. Four half-sib reference families were designed to establish 381 heads of sheep populations.