KOMPARATIF GENOM KLOROPLAS Vitex cofassus DAN IDENTIFIKASI KERAGAMAN BERBASIS SNP

Abstract

Vitex cofassus adalah spesies kayu penting secara budaya dan ekonomi asli Indonesia, banyak digunakan dalam pembuatan kapal tradisional dan dihargai karena daya tahannya. Namun, eksploitasi berlebihan telah menyebabkan penurunan populasi, sehingga menggarisbawahi perlunya sumber daya genom untuk mendukung konservasi. Penelitian ini bertujuan untuk merakit genom cp lengkap V. cofassus menggunakan NGS-Seq. Pengurutan genom dilakukan menggunakan platform DNBSEQ-G400 MGI. Genom kloroplas lengkap pertama dari V. cofassus, yang dirakit menggunakan pengurutan generasi berikutnya, dan dapat digunakan sebagai referensi genom cp untuk spesies ini. Genom cp dirakit dari data baca mentah menggunakan GetOrganelle, dianotasi dengan GeSeq, dan divisualisasikan dengan Chloroplot. Genom memiliki panjang 153.895 bp, dengan struktur quadripartite khas yang terdiri dari salinan tunggal besar (84.797 bp), salinan tunggal kecil (17.880 bp), dan dua pengulangan terbalik (masing-masing 25.509 bp). Sebanyak 130 gen diberi anotasi, termasuk 85 gen pengkodean protein, 37 tRNA, dan 8 gen rRNA, dengan kandungan GC keseluruhan sebesar 38,30%. Analisis genomik komparatif mengungkapkan tingkat konservasi yang tinggi pada ukuran dan komposisi genom di antara spesies Vitex dan anggota Lamiaceae lainnya. Selanjutnya, analisis filogenetik berdasarkan genom kloroplas lengkap menempatkan V. cofassus dalam hubungan dekat dengan V. parviflora dan V. yunnanensis, sehingga mengonfirmasi posisinya dalam subfamili Viticoideae. Genom cp yang baru diurutkan ini menyediakan sumber daya yang berharga untuk studi filogenetik, genomik komparatif, dan pengembangan penanda molekuler guna mendukung konservasi keanekaragaman hayati serta pengelolaan berkelanjutan spesies kehutanan yang terancam punah ini