Tesis a.n Agvinta Nilam Wahyu Yudhichia (B3501241063)

Abstract

Resistansi antimikrob (antimicrobial resistance/AMR) merupakan masalah kesehatan global yang berdampak pada manusia, hewan, dan lingkungan, termasuk sektor perbibitan sapi yang memiliki peran strategis dalam mendukung program swasembada daging nasional. Penggunaan antimikrob dalam produksi ternak dapat mempercepat muncul dan menyebarnya gen resistansi antimikrob (ARG), sehingga deteksi berbasis genomik menjadi penting untuk memahami pola resistansi dan mekanisme transmisinya. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis profil ARG pada Escherichia coli yang diisolasi dari induk dan pedet di Balai Perbibitan Ternak Unggul (BPTU) Sumatera Barat, serta mengevaluasi potensi transmisi vertikal dan horizontal. Sebanyak 76 isolat dianalisis menggunakan whole genome sequencing (WGS), yang dilanjutkan dengan analisis bioinformatika secara komprehensif untuk mengevaluasi kualitas genom dan mengidentifikasi ARG menggunakan basis data resistansi yang telah terstandar. Hasil penelitian menunjukkan kualitas genom yang tinggi, dengan ukuran genom rata-rata sebesar 5,21 Mb, nilai N50 lebih dari 4,7 Mb, tingkat kelengkapan (completeness) sebesar 99,29%, serta tingkat kontaminasi yang rendah (0,57%). Secara keseluruhan, terdeteksi 16 subtipe ARG yang tersebar pada enam kelas antimikrob. Gen resistansi Beta-laktam merupakan kelompok yang paling dominan, khususnya gen blaEC-18. Sebagian besar ARG terlokalisasi pada kromosom, yang mengindikasikan pewarisan vertikal yang stabil, sedangkan sebagian kecil lainnya berada pada plasmid, yang menunjukkan potensi terjadinya transfer gen secara horizontal serta menunjukkan pentingnya surveilans secara berkelanjutan.