Eksplorasi Keragaman Bakteri Endofit dari Kulit Batang dan Batang Pohon Masoi (Cryptocarya massoy)

Abstract

Pohon masoi (Cryptocarya massoy) merupakan tanaman endemik Papua yang memiliki nilai ekonomi tinggi karena menghasilkan minyak atsiri dengan kandungan utama massoia lactone, senyawa aromatik yang banyak dimanfaatkan dalam industri fragrance, pangan, dan kosmetik. Namun, produksi massoia lactone secara konvensional masih bergantung pada ekstraksi kulit batang pohon masoi, sehingga menimbulkan permasalahan keberlanjutan akibat eksploitasi tanaman secara terus-menerus. Oleh karena itu, eksplorasi mikroorganisme endofit menjadi salah satu pendekatan alternatif yang potensial untuk mendukung produksi senyawa tersebut secara lebih berkelanjutan. Keragaman dan komposisi komunitas bakteri endofit pada berbagai jaringan pohon masoi, meliputi batang (BP), kulit batang (KBP), dan ranting (KRC), dikaji menggunakan pendekatan kultur dan non-kultur. Pendekatan kultur digunakan untuk mengisolasi dan mengarakterisasi bakteri endofit, termasuk pengujian patogenisitas serta skrining awal aktivitas metabolik terkait lipid menggunakan pewarna nile red. Sementara itu, pendekatan non-kultur dilakukan melalui analisis metabarcoding gen 16S rRNA full-length (V1–V9) berbasis Oxford Nanopore Technologies (ONT). Sebanyak 24 isolat bakteri endofit berhasil diperoleh, terdiri atas 6 isolat dari batang (BP), 11 isolat dari kulit batang (KBP), dan 7 isolat dari kulit ranting cabang (KRC). Berdasarkan hasil pewarnaan Gram, isolat tersebut terdiri atas 9 isolat Gram positif dan 15 isolat Gram negatif. Seluruh isolat menunjukkan sifat non-hemolitik dan 8 isolat menunjukkan fluoresensi positif pada uji nile red, yang mengindikasikan adanya aktivitas metabolik terkait akumulasi senyawa lipofilik. Hasil analisis metabarcoding menunjukkan adanya perbedaan komposisi komunitas bakteri antarjaringan tanaman. Filum Proteobacteria mendominasi seluruh sampel, sedangkan genus Pantoea terdeteksi sebagai genus dominan, terutama pada sampel ranting cabang (KRC). Selain itu, sebagian besar sekuens masih tergolong unclassified, yang menunjukkan adanya potensi keragaman mikroba endofit yang belum terkarakterisasi. Secara keseluruhan, hasil penelitian ini menunjukkan bahwa setiap jaringan pohon masoi merupakan mikrohabitat selektif bagi komunitas bakteri endofit dan berpotensi menjadi sumber kandidat mikroorganisme untuk pengembangan produksi senyawa lakton berbasis mikroba secara berkelanjutan.