ANALISIS FILOGENETIK FELINE CORONAVIRUS (FCOV) ISOLAT TANGERANG, INDONESIA BERDASARKAN GEN MEMBRANE (M)

Abstract

Feline coronavirus (FCoV) merupakan virus RNA yang memiliki tingkat mutasi tinggi dan mengancam kesehatan kucing secara global. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan karakterisasi molekuler dan analisis filogenetik isolat FCoV asal Indonesia berdasarkan sekuens gen membrane (M). Metode yang digunakan meliputi deteksi molekuler menggunakan Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (RT-PCR), elektroforesis gel agarosa, serta sekuensing Sanger terhadap 11 sampel. Hasil penelitian menunjukkan bahwa tujuh sampel (53,8%) terdeteksi positif pada target amplikon berukuran 880 bp. Analisis filogenetik gen M dari empat isolat FCoV yang berhasil disekuensing, menunjukkan bahwa semua isolat virus masuk ke dalam kelompok genotipe I. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa isolat FCoV asal Indonesia yang berhasil dianalisis termasuk dalam genotipe I sebagai biotipe dominan di Asia, sekaligus mengindikasikan adanya kendala teknis dalam proses sekuensing yang perlu diatasi untuk meningkatkan keberhasilan karakterisasi molekuler.