Identifikasi Single Nucleotide Polymorphism pada Gen-Gen Sengon (Falcataria falcata) Tahan Karat Puru Hasil Long-Read-Sequencing.

Abstract

Sengon (Falcataria falcata) merupakan spesies kayu yang cepat tumbuh dan mudah dibudidayakan. Penanaman sengon secara monokultur memiliki kelemahan yaitu tanaman mudah terserang penyakit seperti karat puru. Tujuan penelitian ini yaitu mengidentifikasi situs SNPs yang terpaut pada gen-gen toleransi terhadap penyakit karat puru (Uromycladium falcatariae) serta validasi marka SNPs dengandaun pohon sengon yang toleran dan rentan terhadap karat puru. Sekuens referensiuntuk identifikasi SNP berasal dari DNA Data Bank of Japan dengan nomor aksesi DRA01568. Desain primer dilakukan untuk mendapatkan primer dari gen-gen target, yaitu Superoxide dismutase, Peroxidase, Ethylene, MLP-like protein, dan Chitinase yang terkait dengan toleransi penyakit karat puru. Penjajaran 8 reads sekuens referensi mengidentifikasi perubahan basa 30.876 SNPs. Identifikasi SNPs menghasilkan 134 SNPs yang memiliki kemungkinan berhubungan dengan 10 gen terkait toleransi penyakit. 10 primer berhasil didesain dengan 5 primer berhasil teramplifikasi. Hasil analisis HRM yang dilakukan menunjukkan adanya asosiasi SNPs pada gen-gen terkait toleransi karat puru.