Optimasi Metode Ektraksi DNA Telur Cacing Haemonchus contortus untuk Pengujian Molekuler

Abstract

Haemonchosis merupakan penyakit yang disebabkan oleh cacing Haemonchus contortus dan sering terjadi pada ruminansia kecil. Deteksi dini kecacingan dapat dilakukan dengan memanfaatkan pengujian molekuler berbasis Polymerase Chain Reaction (PCR). Telur cacing H. contortus sebagai salah satu target deteksi memiliki lapisan dinding yang kuat sehingga diperlukan metode ekstraksi DNA yang sesuai agar mendapatkan hasil PCR yang optimal. Penelitian ini bertujuan mendapatkan metode ekstraksi telur cacing H. contortus paling optimal yang dapat digunakan untuk identifikasi molekuler. Metode ekstraksi dilakukan dengan 3 perlakuan berbeda yakni pemanasan; pendinginan dan pemanasan; serta tanpa perlakuan suhu. Berdasarkan gambaran pita DNA target hasil PCR yang dibaca menggunakan elektroforesis, ketiga perlakuan menunjukkan kualitas pendaran pita yang sama dan panjang amplifikasi DNA yang sesuai yakni 260 bp. Perlakuan dengan tanpa penerapan suhu khusus merupakan metode yang paling efisien karena membutuhkan waktu yang paling minimum.

Haemonchosis is a disease caused by the worm Haemonchus contortus and often occurs in small ruminants. Early detection of helminthiasis can be done by utilizing Polymerase Chain Reaction (PCR)-based molecular testing. H. contortus worm eggs as one of the detection targets have a strong wall layer so that an appropriate DNA extraction method is needed in order to obtain optimal PCR results. This study aims to obtain the most optimal H. contortus worm egg extraction method that can be used for molecular identification. The extraction method was carried out with 3 different treatments, namely heating; cooling and heating; and without temperature treatment. Based on the description of the PCR target DNA band read using electrophoresis, the three treatments showed the same quality of band luminescence and the appropriate DNA amplification length of 260 bp. Treatment with no special temperature application is the most efficient method because it requires the minimum time.