Metode Molekuler Deteksi dan Identifikasi Virus Herpesviridae pada Macaca fascicularis di PSSP IPB

Abstract

Teknik PCR digunakan untuk mendeteksi keberadaan virus herpesviridae pada Macaca fasicicularis tanpa gejala klinis dan mengidentifikasi menggunakan sekuens basa nukleotida. Laporan proyek akhir ini bertujuan mendeteksi dan mengidentifikasi keberadaan sekuen basa nukleotida pada famili virus herpesviridae pada Macaca fascicularis di PSSP IPB. Proyek ini menggunakan 20 sampel usap hidung dari Macaca fascicularis. Ekstraksi DNA menggunakan QiaAmp™ DNA minikit dan pengukuran konsentrasi DNA. Amplifikasi DNA target menggunakan metode nested PCR. Hasil elektroforesis disekunsing untuk mendapatkan sekuen nukleotida. Nilai pengukuran konsentrasi ekstraksi DNA diperoleh nilai rataan 25,07ng/µl. Nilai rasio kemurnian DNA pada panjang gelombang A260/A280 dan A260/A230 diperoleh rataan 1,95 dan 0,27. Hasil elektroforesis diperoleh pita ukuran 215bp pada kode sampel 01 yang sejajar dengan pita kontrol positif. Hasil sekuensing dilakukan BLASTn pada situs NCBI menunjukkan kemiripan dengan Macaca fascicualris lymphocryptovirus. Kemiripan hasil BLAST sampel diperoleh nilai Query Cover sebesar 100% dengan persentase identitas sebesar 98,84%