Restriction Fragment length polymorphism (RFLP) gen sitokrom b DNA mitokondria dari sepuluh spesies reptilia Indonesia
View/ Open
Date
2009Author
Oktoriadi, Ruli
Prasetyaningtyas, Wahono Esthi
Djuwita, Ita
Metadata
Show full item recordAbstract
Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) sepuluh spesies reptilia lokal yang ada di Indonesia berdasarkan fragmen sitokrom b DNA mitokondria. Hasil yang diperoleh dapat digunakan sebagai dasar informasi untuk mengenali spesies reptilia. Sepuluh sampel jaringan reptilia diperoleh di sekitar Bogor dan disimpan dalam larutan NaCl 4,5 M yang mengandung DMSO 25%. DNA diisolasi dengan metode presipitasi amonium asetat. Primer universal sitokrom b L14841/H15149 digunakan untuk amplifikasi fragmen gen sitokrom b dengan menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) yang dilanjutkan dengan elektroforesis. DNA hasil PCR (amplikon) kemudian dipotong dengan menggunakan enzim restriksi endonuklease Alu I (5 U), Rsa I (20 U) dan Hinf I (2,5 U) masing-masing selama 16 jam, 6 jam dan 2 jam. Penghitungan ukuran DNA amplikon dan fragmen hasil pemotongan dilakukan dengan mengukur jarak antara migrasi DNA sampel dengan migrasi marka DNA dalam gel agarose 2%. Hasil penelitian menunjukkan bahwa sepuluh spesies reptilia lokal mempunyai amplikon yang berukuran 359 pb, namun tidak mempunyai situs restriksi Alu I, Rsa I dan Hinf I; karenanya ketiga enzim restriksi endonuklease tersebut tidak bisa digunakan untuk identifikasi pada amplikon sitokrom b DNA mitokondria….