| dc.description.abstract | Kabupaten Garut, provinsi Jawa Barat merupakan salah satu daerah penghasil kopi Arabika di Indonesia. Salah satu varietas kopi Arabika yang mulai banyak dibudidayakan oleh petani di kabupaten Garut adalah Ahernt GRT KN. Kopi Arabika Ahernt GRT KN memiliki keunikan kulit buah berwarna kuning ketika masak, berbeda dengan kebanyakan kopi lain yang berwarna merah ketika masak. Kopi Arabika var. Ahernt GRT KN memiliki citarasa spesialty dan biji buah besar (31,55 gram/100 biji) sehingga memiliki harga tinggi.
Petani di Garut menanam kopi Arabika var. Ahernt GRT KN bersama dengan kopi Arabika varietas lain yang memiliki kulit buah merah di lahan yang sama. Petani kemudian mengambil biji kopi Arabika var. Ahernt GRT KN dari lahan campuran tersebut untuk ditanam kembali atau dijual ke petani lain untuk dijadikan benih. Penanaman dari biji memungkinkan terjadinya pengambilan benih dengan kualitas berbeda-beda sehingga adanya kemungkinan keragaman genetik antar sesama kopi var. Ahernt GRT KN. Selain itu, petani menganggap bahwa kopi dengan kulit buah kuning akan menghasilkan progeni yang true to type ke induknya meskipun berasal dari lahan campuran. Padahal, ada kemungkinan persilangan dengan kopi varietas lain yang dapat merubah genetik progeni kopi Arabika var. Ahernt GRT KN, akan tetapi tidak disadari petani. Selama ini tidak ada kopi Arabika var. Ahernt GRT KN yang memiliki kulit buah kuning ketika ditanam di lahan campuran, yang mengindikasikan persilangan tidak merubah fenotipe dan genotipe kulit buah.
Tujuan dari penelitian ini antara lain : 1) mengetahui keragaman genetik kopi Arabika dalam populasi, 2) mengetahui tingkat outcrossing kopi Arabika var. Ahernt GRT KN di lahan campuran, 3) mengetahui pengaruh persilangan terhadap genetik dan fenotipe kulit buah kopi Arabika. Percobaan pertama mempelajari keragaman genetik 95 kopi Arabika yang terdiri dari 39 kopi Arabika var. Ahernt GRT KN, 47 kopi Arabika var. Sigararutang, dan 9 kopi Arabika var. S795. Analisis keragaman dilakukan menggunakan 6 pasang primer SSR yang berasal dari hasil seleksi 20 pasang primer SSR. Analisis ringkasan statistik dilakukan menggunakan perangkat lunak PowerMaker 3.25. Analisis klaster dilakukan menggunakan perangkat lunak Darwin 6.0.21 dengan metode pengklasteran Sattah dan Tversky.
Hasil analisis statistik menunjukkan bahwa nilai heterozigositas harapan (He) jauh lebih tinggi dibandingkan dengan nilai heterozigositas teramati (Ho). Nilai He yaitu 0,43, sedangkan nilai Ho yaitu 0,07. Hal tersebut mengindikasikan populasi yang diuji mengalami inbreeding dan memiliki tingkat kawin silang yang rendah. Analisis keragaman genetik masing-masing varietas menunjukkan bahwa kopi Arabika var. Ahernt GRT KN dan var. Sigararutang memiliki keragaman genetik di dua primer, yaitu primer M24 dan Ca052. Sebaliknya, kopi Arabika var. S795 memiliki keragaman genetik di seluruh primer, meskipun dengan tingkat yang berbeda-beda. Analisis Ho masing-masing primer menunjukkan kopi Arabika var. Ahernt GRT KN memiliki residu heterozigositas di dua primer, sedangkan kopi Arabika var. Sigararutang dan S795 sudah cenderung homozigot. Analisis klaster
menunjukkan bahwa masing-masing varietas kopi Arabika mengelompok berdasarkan varietas. Kopi Arabika var. Sigararutang dan Ahernt GRT KN membentuk empat tipe, sedangkan kopi Arabika var. S795 membentuk enam tipe. Hal tersebut mengindikasikan bahwa keragaman genetik kopi Arabika var. Sigararutang dan Ahernt GRT KN relatif rendah, sedangkan keragaman genetik kopi Arabika var. S795 relatif tinggi.
Percobaan kedua yaitu mempelajari tingkat outcrossing kopi Arabika di lahan campuran dan pengaruhnya terhadap fenotipe dan genotipe kulit buah. Penelitian dilakukan pada lahan campuran di desa Margamulya, kec. Cikajang, kab. Garut, Jawa Barat. Sebanyak 224 progeni yang berasal dari 5 kopi Arabika var. Ahernt GRT KN diuji tingkat persilangannya. Selain itu, sebanyak 95 kopi Arabika dewasa yang terdiri dari 39 kopi Arabika var. Ahernt GRT KN, 47 kopi Arabika var. Sigararutang, dan 9 kopi var. S795 yang berada disekitar induk betina digunakan sebagai kandidat tetua jantan penyerbuk. Seluruh individu diuji menggunakan 6 marka SSR. Analisis persilangan dilakukan menggunakan perangkat lunak Cervus 3.0.7.
Hasil penelitian menunjukkan bahwa analisis Cervus menunjukkan pola yang berbeda-beda antar tetua betina. Ketika progeni berasal dari tetua heterozigot, 66-100% progeni teranalisis merupakan hasil persilangan dengan kopi Arabika var. Ahernt GRT KN lain. Sebaliknya, ketika progeni berasal dari tetua homozigot, 98% teranalisis selfing, dan 2% merupakan persilangan dengan kopi Arabika var. Sigararutang. Hal tersebut kemungkinan disebabkan aplikasi menganggap segregasi merupakan persilangan. Untuk menkonfirmasi apakah keragaman alel yang dimiliki progeni tetua heterozigot benar-benar dari segregasi, bukan persilangan, maka dilakukan uji Khi Kuadrat. Hasil uji Khi Kuadrat menunjukkan bahwa pola alel progeni yang berasal dari tetua heterozigot membentuk pola 1:2:1 yang merupakan pola segregasi. Kompilasi alel menunjukkan bahwa dari 224 progeni, hanya satu individu yang mendapat tambahan alel yaitu progeni tetua D nomer 32. Pola tambahan alel yang dimiliki yaitu di primer M24, Ca052, M32 dan M101, yang merupakan indikasi persilangan dari kopi Arabika var. Sigararutang. Kesimpulan akhir analisis persilangan yaitu hanya terdapat satu persilangan yang dapat dipertanggungjawabkan dari 224 progeni yang dianalisis.
Di dalam penelitian ini, diketahui terdapat persilangan dari kopi merah (Sigararutang) ke kopi Arabika kuning Ahernt GRT KN, akan tetapi tidak ditemukan kulit buah kopi Arabika var. Ahernt GRT KN yang berwarna merah, sehingga dapat dipastikan bahwa persilangan tidak merubah fenotipe kulit buah kopi Arabika var. Ahernt GRT KN. Dikarenakan rendahnya persilangan yang dialami oleh kopi Arabika var. Ahernt GRT KN, maka digunakan progeni yang bersegregasi untuk memastikan apakah genotipe kulit mengikuti genotipe induk ataukah mengikuti genotipe progeni. Sebanyak 20 kulit yang berasal dari progeni yang mengalami segregasi dianalisis bersama dengan progeni dan induk. Hasil analisis menunjukkan bahwa seluruh genotipe kulit mengikuti genotipe induk. Tidak ada genotipe kulit yang mengikuti genotipe progeni. Hal tersebut menunjukkan bahwa kulit kopi tidak bisa digunakan sebagai penanda genetik dari progeni yang mengalami persilangan. | id |
