Pemilihan Struktur Protein MAPK14 dengan Variasi Benchmark melalui Penambatan Molekuler
Abstract
Kanker adalah penyakit kompleks yang melibatkan berbagai proses biologis
yang berubah termasuk pertumbuhan sel yang tidak terkendali, resistensi terhadap
kematian sel (apoptosis). Salah satu cara untuk membunuh sel kanker adalah
apoptosis, apoptosis adalah mekanisme penting untuk mencegah proliferasi sel
kanker. Salah satu gen yang menarik perhatian para peneliti dalam kaitanya
dengaan kanker adalah MAPK14. Protein MAPK14 (p38 Mitogen Activated
Protein Kinase) merupakan enzim yang terlibat dalam berbagai fungsi seluler
(proliferasi, apoptosisi, diferensiasi, metastasis) dan juga terlibat dalam berbagai
penyakit manusia. Protein MAPK14 memiliki struktur 3D yang sangat kompleks
dan banyak yaitu 245 struktur 3D pada situs UniPort. Beberapa penelitian
sebelumnya telah dilakukan untuk memprediksi struktur protein dengan
menggunakan metode penambatan molekuler. Metode penambatan molekuler
(redocking) dapat membantu dalam memprediksi struktur protein yang akurat dan
terbaik, namun perlu dilakukan evaluasi kinerja metode dengan menggunakan
variasi benchmark (pembanding) untuk memperoleh struktur yang akurat dan
terbaik. Penelitian ini menggunakan protein MAPK14 dengan variasi benchmark
melalui penambatan molekuler untuk memperoleh struktur terbaik, sehingga
diperoleh 16 struktur terbaik di setiap benchmark berdasarkan RMSD (Root Mean
Square Deviation) ≤ 2.0 Å, 12 struktur terbaik berdasarkan nilai afinitas yang
tinggi yaitu nilainya semakin negatif dibawah -9.00 kcal/mol, dan struktur yang
paling terbaik sering muncul (memiliki 2 kriteria yaitu RMSD ≤ 2.0 Å dan afinitas
tinggi) terdiri dari 8 struktur yaitu (ID: 5WJJ, 6M95, 3ZSG, 4F9W, 3GCQ, 3HV3,
3IW7) di setiap benchmark. Variasi benchmark dalam penambatan molekuler
menunjukkan tidak terdapat perbedaan secara nyata, dimana kita bebas untuk
memilih struktur apa saja yang digunakan sebagai benchmark (titik acu
pembandingnya). Interaksi ligan protein pada struktur 3D MAPK14 yang lebih kuat
adalah interaksi hidrofobik, karena residu asam amino nya paling banyak muncul
dan saling berinteraksi dibandingkan dengan ikatan hidrogen, baik sebelum dan
setelah dilakukannya redocking, serta residu asam amino pada proses redocking
lebih banyak muncul dan berikatan dibandingkan sebelum dilakukan redocking,
dikarenakan proses redocking dapat mempengaruhi interaksi antara ligan dan
protein.
Collections
- UT - Physics [1045]