Penjajaran Lokal Sekuens DNA Paralel dengan Skema Partisi Columnwise Menggunakan CUDA

dc.contributor.advisor	Kusuma, Wisnu Ananta
dc.contributor.advisor	Akbar, Auriza Rahmad
dc.contributor.author	Dista, Rozi Kapara
dc.date.accessioned	2023-10-25T07:09:20Z
dc.date.available	2023-10-25T07:09:20Z
dc.date.issued	2016
dc.identifier.uri	http://repository.ipb.ac.id/handle/123456789/128243
dc.description.abstract	Deoxyribo nucleic acid (DNA) merupakan asam nukleat yang menyimpan informasi genetika makhluk hidup. Sekuens DNA suatu makhluk hidup dapat memiliki similaritas dengan sekuens DNA makhluk hidup lainnya. Penjajaran sekuens adalah salah satu cara untuk melihat similaritas di antara sekuens DNA. Penjajaran sekuens untuk sekuens DNA yang panjang membutuhkan waktu yang lama. Penjajaran sekuens secara paralel dapat mempercepat proses penjajaran. Untuk mengimplementasikannya dibutuhkan skema partisi, salah satunya adalah columnwise. Penelitian ini menggunakan metode Smith-Waterman untuk melakukan penjajaran sekuens lokal dan GPU untuk melakukan penjajaran sekuens secara paralel. Pada penelitian ini dihasilkan speedup tertinggi sebesar 5.542 kali untuk sekuens DNA dengan panjang 22 000 bp menggunakan skip 1.	id
dc.language.iso	id	id
dc.publisher	IPB (Bogor Agricultural Univerity)	id
dc.subject.ddc	Mathematics and Natural Sciences	id
dc.subject.ddc	Computer Science	id
dc.title	Penjajaran Lokal Sekuens DNA Paralel dengan Skema Partisi Columnwise Menggunakan CUDA	id
dc.type	Undergraduate Thesis	id
dc.subject.keyword	columnwise	id
dc.subject.keyword	sequence alignment	id
dc.subject.keyword	Smith-Waterman	id