Pemrograman paralel pada pengoreksian DNA sequencing error menggunakan metode Spectral Alignment pada sistem memori bersama

Abstract

DNA sequencing menggunakan next generation sequencer (NGS) menghasilkan throughput yang besar, namun fragmen-fragmen yang dihasilkan masih mengandung sequencing error. Keberadaan sequencing error dapat meningkatkan kompleksitas graf saat dilakukan proses sequence assembly. Proses error correction dapat mengatasi masalah tersebut. Namun, proses error correction pada program sekuensial membutuhkan waktu eksekusi yang tinggi. Oleh karena itu, paralelisasi dibutuhkan pada proses error correction tersebut. Metode error correction pada penelitian ini adalah metode spectral alignment. Penelitian ini mengimplementasikan proses pencarian dan pengoreksian DNA yang memiliki error secara paralel menggunakan empat thread pada prosesor multicore. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa teknik yang diusulkan mampu meningkatkan speedup pada proses pencarian T-string mencapai 1.98–3.56 dan efisiensi 88.92–98.85%, sedangkan speedup pada proses pengoreksian weak T-string speedup mencapai 1.99–3.74 dan efisensi 93.47–99.91% tergantung pada jumlah thread yang digunakan.