Pemetaan Informasi Genetik Gen DNA Polymerase Helicoverpa armigera Nucleopolyhedrovirus Isolat Bogor

Abstract

Nucleopolyhedrovirus (NPV) merupakan virus entomopatogen dari famili Baculoviridae yang ditemukan menginfeksi berbagai jenis serangga dari ordo Lepidoptera, salah satunya adalah Helicoverpa armigera dari famili Noctuidae. Jenis NPV yang spesifik menginfeksi H. armigera disebut HearNPV. H. armigera merupakan hama penting pada berbagai komoditas seperti jagung, tomat, kapas, dan kedelai. Tujuan penelitian adalah mendesain primer spesifik DNA polymerase dalam teknik PCR yang digunakan untuk melengkapi informasi karakter genetik dari gen DNA polymerase pada HearNPV isolat Bogor. Amplifikasi gen HearNPV dilakukan dengan metode PCR dilanjutkan dengan pengurutan DNA menggunakan program BioEdit dan BLAST. Analisis homologi dan filogeni dilakukan dengan MEGA 11 untuk mengetahui hubungan kekerabatan genetik dari isolat NPV dengan isolat dari negara lain yang terdapat pada GenBank. Hasil amplifikasi PCR menunjukkan ukuran fragmen DNA NPV sebesar 367 pb. Berdasarkan hasil analisis sekuens, isolat HearNPV asal Bogor memiliki hubungan dekat dengan isolat NPV yang berasal dari Spanyol dan India. Nilai homologi nukleotida dan asam amino tertinggi secara berturut-turut sebesar 99,15% dan 99%. Berdasarkan hasil analisis filogeni, isolat HearNPV asal Bogor termasuk dalam kelompok yang sama dengan NPV yang menginfeksi genus Helicoverpa.

Nucleopolyhedrovirus (NPV) is an entomopathogenic virus from the Baculoviridae family that infects various types of insects from the order Lepidoptera, one of which is Helicoverpa armigera. HearNPV is an NPV that specifically infects H. armigera. H. armigera is an important pest on commodities such as corn, tomatoes, cotton and soybeans. This study was conducted to design DNA polymerase-specific primers using PCR techniques and to complement the genetic information of the DNA polymerase genes in HearNPV Bogor isolate using those pre-designed primers. HearNPV gene amplification were carried out using the PCR method, followed by DNA sequencing using the BioEdit software and the BLAST program. Homology and phylogeny analyses were carried out using the MEGA 11 program to determine the genetic relationship of NPV isolates with isolates from other countries found in GenBank. The PCR amplification results showed that the size of the NPV DNA fragment was 367 bp. Based on the sequence analysis results, HearNPV isolates from Bogor are closely related to NPV isolates from Spain and India. The highest nucleotide and amino acid homology values were 99.15% and 99%, respectively. Based on the results of phylogenetic analysis, HearNPV isolates from Bogor belong to the same group as the NPVs that infect the genus Helicoverpa.