Analisis keragaman genetik daerah D-Loop DNA mitokondria ayam hutan hijau (Gallus varius)

Abstract

Analisis keragaman genetik dilakukan pada 30 sampel ayam hutan hijau. (Gallus varius) yang berasal dari Jawa Timur, Bali dan Lombok dengan menggunakan teknik PCR-RFLP. Sebagai pembanding (outgroup) digunakan ayam hutan merah (Sumatera dan Sulawesi) dan beberapa jenis ayam lainnya (ayam pelung, ayam kedu, ayam ras petelur dan ayam kampung). Amplifikasi daerah. D-loop mtDNA ayam dilakukan dengan menggunakan sepasang primer, yaitu L16750 (5'-AGGACTACGGCTTGAAAAGC-3' yang menempel pada tRNA Glutamic acid) dan H1255 (5'-CATCTTGGCATCTTCAGTGCC-3' yang menempel pada tRNA Phenylalanine). Hasil amplifikasi tersebut selanjutnya dipotong dengan menggunakan lima enzim restriksi pemotong empat basa, yaitu: Alu I (AGICT), Hae III (GG CC), Hpa II (CCGG), Mbo I (GATC) dan Rsa I (GTAC). Amplifikasi daerah D-loop pada ayam hutan hijau menghasilkan dua macam ukuran fragmen DNA yang berbeda. Fragmen DNA berukuran 1322 pasang basa (pb) ditemukan pada hampir semua ayam hutan hijau dari ketiga daerah yang berbeda, sedangkan fragmen DNA berukuran 1381 pb hanya ditemukan pada dua sampel ayam hutan hijau (Jawa Timur dan Bali). Analisis dengan menggunakan teknik PCR-RFLP hanya menghasilkan dua macam haplotipe. Hampir semua ayam hutan hijau memiliki haplotipe 1, sedangkan haplotipe II hanya dimiliki oleh ayam hutan hijau yang berasal dari Lombok (satu sampel). Pada kelompok pembanding, ukuran fragmen DNA teramplifikasi yang dihasilkan adalah 1322 pb, dengan pola pita hasil pemotongan berdasarkan analisis PCR-RFLP adalah haplotipe II. Ayam hutan hijau yang berasal dari Lombok (satu sampel) diduga berasal dari induk yang mengalami proses perkawinan campuran dengan ayam hutan merah atau jenis ayam lainnya. Penelitian lebih lanjut dengan menggunakan teknik PCR-Sequencing diharapkan dapat mengungkapkan secara terperinci keragaman genetik intraspesies pada ayam hutan hijau yang ada di Indonesia.