dc.description.abstract | Strategi kandidat gen merupakan tekhnik biologi molekuler untuk
mengidentifikasi lokus sifat kuantitatif secara langsung, dengan asumsi bahwa
variasi genetik pada kandidat gen ini berpengaruh terhadap proses metabolisme
sehingga mengakibatkan variasi sifat kuantitatif.Beberapa sifat kuantitatif pada
ternak seperti bobot lahir, bobot sapih dan pertambahan bobot badan harian
merupakan sifat yang memiliki nilai ekonomis penting yang berada dibawah
kontrol beberapa gen. Beberapa kandidat gen seperti : gen growth hormone
(GH), growth hormone receptor (GHR) dan insulin like growth factor- I (IGF-I)
merupakan kelompok gen yang mengontrol sifat-sifat tersebut pada ternak sapi
potong.
Growth hormone (GH) berperan sebagai regulator utama metabolisme dan
pertumbuhan setelah kelahiran pada hewan menyusui dan mempengaruhi laju
pertumbuhan, komposisi tubuh dan produksi susu melalui modulasi banyak gen
termasuk insulin-like growth factor I (IGF-I). Beberapa peneliti melaporkan
pengaruh yang signifikan dari gen growth hormone (GH) terhadap pertumbuhan
dan sifat karkas pada sapi.Growth hormone receptor (GHR) memediasi aktivitas
biologi hormon pertumbuhan pada sel target melalui transduksi myogenicstimulating
signal melewati membran sel dan menginduksi transkripsi beberapa
gen termasuk IGF-1. Mutasi pada GHR gen dapat menyebabkan keterlambatan
pertumbuhan yang dikenal dengan GH resistence atau GH insensitif. Insulin-like
growth factor-I (IGF-I) adalah suatu polipeptida yang meningkatkan perkembang
biakan sel dan pengambilan gula oleh sel. Konsentrasi IGF-I memiliki pengaruh
yang signifikan terhadap berbagai sifat kuantitatif, diantaranya adalah bobot lahir,
bobot sapih, bobot pasca-sapih dan pertambahan bobot badan harian pada sapi.
Dengan demikian, ketiga gen ini berpengaruh terhadap sifat produksi pada
ternak sapi dan merupakan kandidat gen penting sebagai marka seleksi.
Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan marka genetik dari gen
growth hormone (GH), growth hormone receptor (GHR) dan insulin like growth
factor-1 (IGF-1) dengan harapan untuk dapat digunakan dalam program
pemuliaan sebagai marka pembantu seleksi pada sapi Bali. Aplikasi teknik ini
dalam pemuliaan ternak untuk mendukung metode konvensional yang
berbasiskan informasi fenotipik tentu akan memberikan dampak yang lebih baik
dalam rangka meningkatkan perkembangan populasi dan perbaikan produktivitas
sapi lokal.
Penelitian dilakukan dalam 3 tahapan, yaitu : 1) phenotyping, yaitu koleksi
data sifat produksi melalui pengukuran langsung di laboratorium lapang untuk
mendapatkan data fenotipe ternak percobaan (phenotypic database), 2) SNPs
discovery, yaitu pencarian SNPs baru pada sekuen kandidat gen menggunakan
metode “direct Sequencing”, kemudian sekuen DNA yang dihasilkan dianalisis
dengan program BioEdit dan Mega4 dan 3) genotyping yaitu identifikasi
genotipe menggunakan teknik PCR-RFLP untuk mendapatkan data genotipe
(genotypic database) masing-masing individu. Studi asosiasi antara genotipe
SNP dengan sifat produksi menggunakan prosedur ANOVA (program Minitab 16)
dan perbedaan dari genotipe masing-masing gen dibandingkan menggunakan
metode least square differences (LSD) test.
Pencarian SNP (SNPs discovery) menggunakan metode “direct
sequencing” telah berhasil menemukan 4 SNP baru, masing-masing satu SNP
pada ekson 4 gen IGF-1, satu SNP pada intron 8 gen GHR dan dua SNP pada
ekson 10 gen GHR, sedangkan pada intron 4 dan ekson 5 gen GH tidak
ditemukan adanya SNP baru. SNP pada ekson 4 gen IGF-1 disebabkan oleh
mutasi substitusi timin oleh sitosin sehingga terjadi perubahan asam amino
metionin menjadi threonin. Mutasi ini dapat diidentifikasi dengan teknik PCRRFLP
menggunakan enzim restriksi Rsa1. SNP pada intron 8 gen GHR
disebabkan oleh mutasi substitusi adenin dengan guanin (A/G) pada posisi basa
241 bp. Mutasi ini dapat diidentifikasi dengan teknik PCR-RFLP menggunakan
enzim restriksi HpyCH4III. SNP pada ekson 10 gen GHR disebabkan oleh mutasi
substitusi timin dengan sitosin (T/C) pada posisi basa 702 bp dan transisi sitosin
dengan timin (C/T) pada posisi basa 755 bp. Mutasi T/C pada posisi basa 702 bp
merupakan mutasi senyap (silent mutation) dan dapat diidentifikasi
menggunakan enzim restriksi BmgB1. Mutasi C/T pada posisi basa 755 bp
merupakan missense mutation yang mengubah asam amino threonin menjadi
ileusin. dst... | id |