Pelacakan Segmen Genom Virus Penyakit Mulut dan Kuku (PMK) Menggunakan Teknik Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction

Abstract

Penyakit mulut dan kuku (PMK) merupakan penyakit penting pada ternak yang disebabkan oleh virus RNA untai tunggal positif yang disebut Foot-and-mouth disease virus (FMDV) anggota famili Picornaviridae. Wabah PMK kembali terjadi di Indonesia pada April 2022 dan pertama kali dilaporkan di Provinsi Jawa Timur, setelah sebelumnya menyandang status bebas PMK tanpa vaksinasi sejak tahun 1990 dari World Organisation of Animal Health (WOAH). Gejala klinis PMK mirip dengan penyakit lain, sehingga dibutuhkan diagnosis konfirmasi antara lain menggunakan teknik reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) dengan prinsip amplifikasi segmen genom. Penelitian ini bertujuan menerapkan RT-PCR konvensional untuk melacak segmen genom FMDV pada sampel swab mulut dan kuku dari 18 ekor sapi suspek PMK di Kabupaten Bogor. Amplifikasi menggunakan dua pasang primer 1F/1R dan FM8/FM9 tidak menunjukkan pita amplikon sepanjang 328 base pair (bp) dan 644 bp, secara berurutan. Beberapa kemungkinan dapat memengaruhi hasil negatif tersebut. Pertama, virus sudah tidak ada pada lesi di mukosa mulut maupun bekas luka pada kuku atau jumlah virus berada di bawah ambang deteksi dari teknik ini jika sapi tersebut pernah terinfeksi FMDV. Kemungkinan lainnya adalah lesi tersebut bukan disebabkan oleh infeksi FMDV.

Foot and mouth disease (FMD) is an important disease of livestock caused by positive sense single-stranded RNA virus known as Foot-and-mouth disease virus (FMDV) belonging to Picornaviridae family. Outbreaks of FMD reemerged in Indonesia in April 2022 and first reported in East Java Province, after previously having “FMD-free without vaccination” status since 1990 from the World Organization of Animal Health (WOAH). Clinical signs of FMD are similar to other vesicular diseases, confirmatory diagnosis such as reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) by amplifying FMDV genome region is necessary. This study aimed to apply conventional RT-PCR to detect the genomic region of FMDV in mouth and hoof swabs collected from 18 FMD suspected cattle in Bogor area. Amplification using two pairs of primers 1F/1R and FM8/FM9 did not produced an amplicon band of 328 base pair (bp) and 644 bp, respectively. Several things can influence the negative result. First, the virus is no longer present in the oral or hoof lesions or the amount of virus is below the detection threshold of this technique if the cow wasinfected with FMDV. Another possibility is the lesions were not caused by FMDV.