Pollen Dispersal dan Analisis Keragaman Genetik Kelapa Bido Asal Kabupaten Kepulauan Morotai, Maluku Utara
Date
2023-01-12Author
Mawardi, Sukmawati
Sudarsono, Sudarsono
Dinarti, Diny
Maskromo, Ismail
Metadata
Show full item recordAbstract
Tanaman kelapa (Cocos nucifera L.) merupakan tanaman yang setiap bagiannya yaitu buah, batang, daun, dan akar dapat dimanfaatkan sehingga dikenal sebagai pohon kehidupan (tree of life). Secara umum kelapa dibagi menjadi dua tipe yaitu kelapa Dalam (var. typica (Nar.)) dan kelapa Genjah (var. nana (Griff.)). Pemuliaan tanaman kelapa saat ini difokuskan untuk menggabungkan sifat-sifat unggul kelapa Dalam dan kelapa Genjah dengan karakter berbuah mulai umur 3 tahun, internodus lebih pendek, buah berukuran medium hingga besar, kadar minyak tinggi, dan produksi buah tinggi. Kelapa Bido yang ditemukan di Desa Bido memiliki karakter antara kelapa Dalam dan Genjah, sehingga kelapa ini berpeluang sebagai materi genetik untuk pemuliaan kelapa. Saat ini informasi kelapa Bido masih terbatas, sehingga perlu dilakukan penelitian untuk melakukan karakterisasi dan mengkaji keragaman populasi kelapa Bido.
Penelitian ini terdiri atas empat percobaan dan masing-masing percobaan memiliki tujuan yaitu 1) mempelajari tipe penyerbukan pada kelapa Bido; 2) melakukan identifikasi tetua jantan dengan marka SSR; 3) mempelajari keragaman populasi kelapa di Desa Bido dengan marka SSR dan dibandingkan dengan struktur genetik populasi kelapa lain yang terdapat di Desa Bido; dan 4) melakukan karakterisasi dan mengkaji keragaman morfologi populasi kelapa Bido pada beberapa generasi.
Percobaan pertama mempelajari tentang pola pembungaan kelapa. Penelitian dilaksanakan pada dua lokasi yaitu Kebun Percobaan (KP) Mapanget, Balai Penelitian Tanaman Palma Sulawesi Utara dan di Desa Bido Kabupaten Kepulauan Morotai, Maluku Utara pada bulan Mei hingga Oktober 2020 dan Agustus hingga Oktober 2021. Berdasarkan hasil penelitian diketahui Kelapa Bido, progeni off-type bido, dan Genjah lokal Bido memiliki tipe pembungaan autogami langsung, sedangkan pada kelapa Dalam lokal Bido dan progeni kelapa Bido di KP. Mapanget memiliki tipe pembungaan semi autogami langsung.
Percobaan kedua adalah analisis parental menggunakan marka SSR. Pengambilan sampel daun tetua dan pengumpulan benih dilaksanakan pada Juni 2021 di Desa Bido dan pendederan benih kelapa Bido di Kebun Percobaan Mapanget. Analisis molekuler dengan marka 10 marka SSR dilaksanakan pada bulan Juni 2021 hingga September 2022 di Laboratorium Biologi Molekuler Tanaman 1 (PMB Lab 1), Institut Pertanian Bogor dan di Laboratorium Biologi Molekuler (BM), Balai Besar Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik. Percobaan dilakukan pada 128 progeni yang berasal dari 13 tetua betina dan 15 progeni di KP. Mapanget yang tidak diketahui tetua betinanya. Analisis data dilakukan menggunakan software Cervux dan Colony. Hasil percobaan menunjukkan bahwa terdapat progeni yang memiliki kandidat tetua jantan yang lebih dari satu. Hal ini disebabkan karena terdapat banyak individu yang memiliki alel yang sama pada semua lokus. Namun dapat diketahui terjadi peluang menyerbuk silang pada kelapa Bido meskipun terjadi tumpang tindih fase antesis dan reseptif. Peluang terjadinya penyerbukan silang oleh faktor ekternal yaitu serangga, karena bunga betina reseptif setelah seluang tandan bunga terbuka.
Percobaan ketiga mempelajari tentang keragaman genetik populasi kelapa Bido menggunakan marka SSR. Pengambilan sampel daun populasi kelapa dilaksanakan pada Juni 2021 di Desa Bido dan di Kebun Percobaan Mapanget. Analisis molekuler dengan marka SSR dilaksanakan pada bulan Juni 2021 hingga September 2022 di PMB Lab 1, Institut Pertanian Bogor dan di Laboratorium BM, Balai Besar Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik. Percobaan dilakukan pada 136 tanaman yang terdiri atas kelapa Bido, progeni off-type, kelapa Genjah, dan kelapa Dalam menggunakan 17 primer SSR. Analisis filogenetik dilakukan dengan metode neighbour joining tree (NJT) menggunakan software Darwin. Untuk menghitung nilai Polymorphic Information Content (PIC), heterozigositas harapan (He), heterozigositas amatan (Ho), jumlah alel efektif (Ne) digunakan software GenAlex versi 6.51b2. Populasi kelapa di Desa Bido mengelompok menjadi tiga klaster utama. Kelapa Bido, Dalam dan Genjah mengelompok pada klaster yang berbeda dengan nilai dissimilarity berkisar antara 0-0.8, dan nilai dissimilarity paling besar antara kelapa Genjah dan Dalam. Terdapat dua primer yang sangat informatif menggambarkan keragaman populasi kelapa di Desa Bido.
Percobaan keempat yaitu keragaman morfologi populasi kelapa di Desa Bido. Percobaan dilaksanakan pada bulan Maret 2020 hingga Juni 2020 di KP. Mapanget dan di Desa Bido. Berdasarkan karakter morfologi, sebagian besar individu kelapa Bido mengelompok secara terpisah dengan kelapa Dalam dan Genjah Lokal, meskipun rata-rata kemiripan antara kelapa Bido dengan kedua tipe kelapa tersebut masih di atas 70%. Koefisien kemiripan antara kelapa Bido dengan kelapa Dalam dan progeni off-type masih lebih besar jika dibandingkan dengan koefisen kemiripan kelapa Bido dengan kelapa Genjah lokal.
Kelapa Bido memiliki karakter perpaduan antara kelapa Dalam dan kelapa Genjah. Secara biologis pola pembungaan kelapa Bido memungkinkan terjadinya autogami langsung, tetapi morfologi bunga terbuka pada kelapa memungkinkan terjadinya penyerbukan silang dengan bantuan serangga. Peluang terjadinya penyerbukan silang dibuktikan pada analisis parental yang dilakukan pada 128 progeni, meskipun sebagian besar menyerbuk silang dengan kelapa Bido lainnya. Terjadinya penyerbukan silang menyebabkan beberapa progeni mengalami perubahan karakter pada jarak antar bekas daun dan warna buah. Hasil analisis keragaman morfologi dan genetik menggunakan marka SSR, kelapa Bido berada pada klaster yang berbeda dengan kelapa Dalam dan Genjah, sedangkan progeni off-type Bido menyebar pada beberapa klaster yang diduga berada pada klaster yang sama dengan polen kontaminannya. Adanya peluang kontaminasi polen dan ditemukannya progeni off-type, sehingga perlu dilakukan pemurnian kelapa Bido dan juga penebangan kelapa-kelapa lokal yang dapat menjadi sumber kontaminan. Seleksi dan pemurnian dapat dilakukan dengan menggunakan kombinasi marka morfologi dan molekuler.
Collections
- MT - Agriculture [3689]