Identifikasi Metabolit Daun Salam (Syzygium polyanthum Wight.) yang Menghambat EGFR-Tirosin Kinase Secara In Silico

Abstract

Syzygium polyanthum Wight. merupakan salah satu tanaman herbal yang telah diketahui memiliki berbagai aktivitas farmakologi termasuk potensi antikanker. Epidermal Growth Factor Receptor-Tyrosine Kinase (EGFR-TK) merupakan sasaran terapi yg menarik karena seringkali terlibat dalam banyak kanker. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi senyawa aktif pada S. polyanthum Wight. yang mempunyai aktivitas penghambatan EGFR-TK dan memprediksi mekanismenya secara in silico. Piranti lunak PLANTS digunakan untuk penambatan molekuler dalam rangka penapisan virtual, dan interaksi ligan secara bersama-sama (combined docking) yang sebelumnya dilakukan penentuan grid box. Untuk analisis interaksi ligan-reseptor dan visualisasi menggunakan Pymol, Ligplot+ dan YASARA. Sebanyak 238 senyawa metabolit dalam daun S. polyanthum Wight. dihasilkan dari studi literatur. Struktur 3 dimensi EGFR-TK (kode:1M17) diunduh dari PDB dengan ligan alami 4-anilinakuinazolina sebagai ko-kristal. Proses validasi reseptor menghasilkan rerata RMSD 1,70 Å yang artinya proses penambatan dapat dianggap valid. Hasil penambatan molekuler diperoleh 5 senyawa terbaik dengan skor penambatan sebagai berikut 1-heptatriakotanol (-108,97), Z-heptatriakonten-2-on (-106,50), 2,6,10,15,19,23-heksametil-1,6,10,14,18,22-tetrakosaheksaen-3-ol (-99,05), hentriakontana (-97,22), dan skualena (-95,78). Sebagai pembanding, 4-anilinokuinazolina dan Gefitinib (inhibitor tirosin kinase komersial) berturut-turut memiliki nilai skor penambatan -97,45 dan -97,97. Dengan demikian kelima senyawa tersebut relatif jauh lebih berpotensi daripada inhibitor komersial yang ada. Hasil analisis penambatan kombinasi menghasilkan nilai skor penambatan sebesar -116,3. Hal ini menunjukkan bahwa kombinasi 5 senyawa terbaik Syzygium polyanthum Wight. tersebut jauh lebih baik dibandingkan dengan senyawa tunggalnya. Dari lima senyawa terbaik 2,6,10,15,19,23-heksametil-1,6,10,14,18,22-tetrakosaheksaen-3-ol, hentriakontana, dan skualena memenuhi tiga dari empat aturan Lipinski sehingga dianggap mirip dengan senyawa obat. Dari prediksi Absorpsi, Distribusi, Metabolisme, Toksisitas (ADMET), beraneka senyawa potensial ini mampu terabsorpsi dan diekskresikan dengan baik serta relatif tidak toksik. 1-heptatriakotanol dan Z-heptatriakonten-2-on memiliki bioavalabilitas cukup rendah. Meskipun demikian senyawa terbaik dalam S. polyanthum Wight. itu memiliki atom dan gugus ciri senyawa obat (pharmacophore) yang terkonfirmasi dari potensi penghambatan EGFR-TK yang sangat baik secara in silico sehingga dapat dikembangkan menjadi senyawa obat.