dc.contributor.advisor | Siregar, Iskandar Zulkarnaen | |
dc.contributor.advisor | Pratama, Rahadian | |
dc.contributor.author | Sari, Puteri Shinta | |
dc.date.accessioned | 2022-06-29T06:20:16Z | |
dc.date.available | 2022-06-29T06:20:16Z | |
dc.date.issued | 2022-06-29 | |
dc.identifier.uri | http://repository.ipb.ac.id/handle/123456789/112209 | |
dc.description.abstract | Melaleuca leucadendra, Santalum album, dan Magnolia alba merupakan
tiga jenis pohon tropis yang menghasilkan minyak atsiri bermanfaat dan komersil.
Ketiga jenis tersebut berpotensi untuk ditingkatkan kualitasnya melalui pemuliaan
pohon secara genetik untuk menghasilkan sifat yang konsisten. Namun, informasi
genetik yang dapat dimanfaatkan untuk program pemuliaan masih belum banyak
tersedia. Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi sekuen bacaan panjang
DNA M. leucadendra, S. album, dan M. alba dengan teknologi MinION Oxford
Nanopore, dan mengetahui hubungan kekerabatannya melalui analisis filogeni.
Prosedur penelitian mencakup tahapan ekstraksi DNA, uji kualitas dan uji
kuantitas DNA, sekuensing DNA, dan analisis data. Hasil menunjukkan bahwa M.
leucadendra, S. album, dan M. alba menghasilkan jumlah bacaan masing-masing
sebesar 470.250 bp, 281.565 bp, dan 195.717 bp. Analisis filogeni menunjukkan
bahwa M. alba memiliki hubungan kekerabatan dengan Magnolia champaca
dengan nilai bootstrap 64% dengan gen matK, 56% dengan gen spacer psbAtrnH, dan 100% dengan kombinasi kedua gen | id |
dc.description.abstract | Melaleuca leucadendra, Santalum album, and Magnolia alba are tropical
tree species that produce beneficial and commercial essential oils. These three
species have the potential to be improved genetically to obtain consistent traits.
However, genetic information for supporting tree improvement is still not widely
available. The objective of this study was i) to characterize the DNA long-read
sequences of M. leucadendra, S. album, and M. alba using MinION Oxford
Nanopore Technology, and ii) to determine their relationship through
phylogenetic analysis. The research method included DNA extraction, DNA
quality and quantity testing, DNA sequencing, and data analysis. The results
showed that total reads of M. leucadendra, S. album, and M. alba were 470.250
bp, 281.565 bp, and 195.717 bp, respectively. Phylogenetic analysis showed that
M. alba was related to Magnolia champaca with bootstrap values 64% with matK
gene, 56% with psbA-trnH spacer gene, and 100% with the combination of both
genes. | id |
dc.language.iso | id | id |
dc.publisher | IPB University | id |
dc.title | Analisis Long-read Sequences MinION pada Kayu Putih (Melaleuca leucadendra L.), Cendana (Santalum album L.), dan Cempaka Putih (Magnolia alba DC.) | id |
dc.title.alternative | Analysis of Long-read Sequences MinION on Kayu Putih (Melaleuca leucadendra L.), Cendana (Santalum album L.), and Cempaka Putih (Magnolia alba DC.) | id |
dc.type | Undergraduate Thesis | id |
dc.subject.keyword | DNA | id |
dc.subject.keyword | filogeni | id |
dc.subject.keyword | Magnolia alba | id |
dc.subject.keyword | MinION | id |
dc.subject.keyword | sekuensing | id |