Keragaman Genetik Padi Warna (Oryza sativa L.) berdasarkan Karakter Morfo-agronomis dan Penanda SSR
Abstract
Karakter morfo-agronomis dan penanda SSR (Simple Sequence Repeat)
digunakan untuk mempelajari keragaman genetik padi warna lokal Indonesia. Dari
data karakter morfo-agronomis dan penanda SSR dilakukan analisis asosiasi untuk
mendeteksi penanda SSR yang diduga potensial berasosiasi signifikan dengan
karakter morfo-agronomis padi. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk
memperoleh informasi keragaman genetik 93 aksesi padi warna lokal berdasarkan
karakter morfo-agronomis dan penanda SSR, serta memperoleh informasi penanda
SSR yang berasosiasi signifikan dengan karakter morfo-agronomis padi.
Penelitian dilakukan pada bulan Agustus 2020 hingga bulan Januari 2021 di
rumah kaca Cikemeuh, BB Biogen, Bogor dan di Laboratorium Biologi Molekuler
BB Biogen, Bogor. Materi genetik yang digunakan berjumlah 93 aksesi padi warna
lokal Indonesia. Percobaan disusun berdasarkan rancangan kelompok lengkap
teracak (RKLT) faktor tunggal dengan 93 aksesi padi yang masing-masing diulang
sebanyak tiga ulangan. Pengamatan karakter morfo-agronomis dilakukan
berdasarkan panduan Sistem Karakterisasi dan Evaluasi Tanaman Padi dan
Panduan Pelaksanaan Uji (PPU) BUSS PPVTPP untuk tanaman padi. Analisis
molekuler berdasarkan penanda SSR dilakukan menggunakan 24 penanda SSR
yang tersebar dalam 12 kromosom. Data dianalisis menggunakan perangkat lunak
SAS, PBSTAT-CL, Gel Analyzer, PowerMarker, DARwin, Structure, dan
TASSEL.
Berdasarkan hasil pengamatan, terdapat keragaman yang cukup luas pada
karakter morfo-agronomis padi warna lokal Indonesia, meliputi karakter kuantitatif
dan kualitatif. Pada seluruh karakter kuantitatif, hasil analisis ragam menunjukkan
bahwa genotipe berpengaruh sangat nyata pada taraf 1%. Pada karakter kualitatif,
terdapat variasi yang lengkap menurut deskriptor tanaman padi untuk karakter
warna telinga daun, warna pelepah daun, permukaan daun, sudut daun bendera,
sudut batang, ketegaran batang, tipe malai, tipe cabang malai sekunder, keluarnya
malai, kerontokan, dan warna antosianin pada jalur sekam. Sementara itu, untuk
analisis pengelompokan berdasarkan karakter morfo-agronomis menghasilkan tiga
kelompok utama.
Keragaman berdasarkan karakteristik 24 penanda SSR menunjukkan 16
penanda SSR yang digunakan bersifat sangat informatif dan bermanfaat untuk
membedakan genotipe padi. Berdasarkan penanda SSR, rata-rata jumlah alel,
frekuensi alel mayor, keragaman gen, heterozigositas, dan nilai PIC berturut-turut
adalah 8,91, 0,34, 0,77, 0,02, dan 0,73. Hasil analisis pengelompokan berdasarkan
penanda SSR menghasilkan tiga kelompok utama, hasil tersebut didukung dengan
hasil analisis struktur populasi yang menggambarkan perkiraan keanggotaan setiap
aksesi menjadi dua kelompok utama dan satu kelompok campuran. Hasil analisis
asosiasi karakter morfo-agronomis dan penanda SSR adalah terdapat 14 dari 24
penanda SSR berasosiasi pada nilai p<0,001.
Collections
- MT - Agriculture [3497]