Karakteristik Genetik Ikan Belida (Chitala lopis) Asal Pulau Sumatra dan Kalimantan Berdasarkan Gen COI

Abstract

Ikan belida (Chitala lopis) merupakan salah satu jenis ikan air tawar yang memiliki nilai ekonomis tinggi di Indonesia. Ikan belida merupakan ikan konsumsi dan ikan hias karena tampilannya unik. Adanya aktivitas penangkapan (overfishing) dan perubahan lingkungan maupun kerusakan lingkungan perairan, dapat menyebabkan kelestarian ikan ini terancam punah. Salah satu upaya untuk menjaga kelestrian, yaitu dengan upaya konservasi genetik berdasarkan analisis gen mtDNA. Salah satu gen mtDNA yang sering digunakan yaitu gen Cytochrome Oxidase subunit I (COI), karena banyak digunakan sebagai DNA barcoding, identifikasi spesies, karakterisasi, pengelompokan spesies dari berbagai taksa dan menentukan sebaran populasi hewan. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengkaji karakteristik genetik ikan Belida (Chitala lopis) dari sebaran pulau Sumatra dan Kalimantan berdasarkan gen COI DNA Mitokondria. Sebanyak 10 individu ikan belida (Lampung 3, Riau 1, Kalimantan Barat 3, Kalimantan Selatan 3) digunakan dalam penelitian ini serta tambahan 3 sekuens pembanding (ingroup dan outgroup) dari GenBank. Analisis yang digunakan meliputi perhitungan jarak genetik, variasi nukleotida, polimorfisme, dan rekonstruksi pohon filogenetik menggunakan software MEGA 7.0. Hasil produk PCR dari 10 sampel ikan belida diperoleh sekuens dengan Panjang 707 pb. Hasil BLAST-n menunjukan percent identity 97.60% – 99.15% dengan nilai query cover sebesar 100% untuk semua sampel. Karakter gen COI ikan belida menunjukan hasil situs konservatif sebesar 687 pb (97.17%), situs variasi 20 pb (2.83%), situs parsimoni 17 pb (2.40%), dan singleton 2 pb (0.28%). Ditemukannya 13 situs polimorfisme bervariasi atau Single Nucleotide Polymorphism (SNP) pada populasi Sumatra dan Kalimantan. Sampel Kalimantan memiliki dua situs nukleotida spesifik geografik yang membedakan dengan sampel Sumatra. Kalimantan Barat memiliki dua situs nukleotida spesifik. Pada sampel Kalimantan Selatan menunjukan nukleotida spesifik yang lebih bervariasi dengan 9 situs nukleotida spesifik. Berdasarkan jarak genetik, perbedaan terbesar terletak pada sampel Kalimantan Selatan (1.63%) dibandingkan dengan semua sampel. Hasil rekonstruksi pohon filogenetik menunjukan bahwa sampel Kalimantan Selatan berada pada group yang berbeda. Sampel Kalimantan Barat menunjukan kekerabatan lebih dekat dengan group Sumatra.