Identifikasi Grup Filogenetik dan Gen Virulen, serta Resistansi Antibiotik Karbapenem pada isolat Escherichia coli Resistan Kolistin di Bogor, Jawa Barat.
View/ Open
Date
2020Author
Rahayuningtyas, Irma
Indrawati, Agustin
Wibawan, I Wayan Teguh
Metadata
Show full item recordAbstract
Kontaminasi Escherichia coli patogen di sepanjang rantai suplai ayam
pedaging telah menjadi perhatian serius bagi kesehatan masyarakat. Infeksi E. coli
patogen yang bersifat multiresistan terhadap antibiotik dapat menyebabkan
kegagalan pengobatan. Beberapa studi telah membuktikan bahwa avian pathogenic
E. coli (APEC) dan extraintestinal pathogenic E. coli (ExPEC) pada manusia
menunjukkan adanya kemiripan genetik, terutama pada gen virulennya. Tujuan
penelitian ini adalah melakukan identifikasi grup filogenetik dan gen virulen, serta
menguji resistansi antibiotik karbapenem pada isolat arsip E. coli resistan kolistin
yang berasal dari rantai suplai ayam pedaging di Bogor, Jawa Barat.
Limapuluh delapan isolat dikarakterisasi menggunakan metode polymerase
chain reaction (PCR) untuk menentukan grup filogenetiknya (A, B1, B2, atau D)
dan mendeteksi profil gen virulennya menggunakan marker genetik APEC (iutA,
hlyF, iss, iroN, dan ompT). Pengujian resistansi terhadap antibiotik karbapenem
dilakukan dengan metode disk diffusion. Deteksi karbapenemase dilakukan dengan
metode modified carbapenem inactivation method (mCIM) dan EDTA carbapenem
inactivation method (eCIM), selanjutnya deteksi gen penyandi resistansi blaNDM
dan blaKPC menggunakan metode PCR.
Hasil penelitian menunjukkan bahwa isolat E. coli arsip yang termasuk dalam
grup filogenetik A adalah 34.48%, D 34.48%, B1 17.24% dan B2 13.79%. Deteksi
gen virulen menunjukkan adanya ekspresi gen iutA (36%), hlyF (21%), ompT
(21%), iroN (10%) dan iss (9%). Grup filogenetik B2 menunjukkan adanya
kombinasi gen virulen lebih banyak. Gen virulen iroN, hlyF dan ompT mempunyai
asosiasi positif dengan grup filogenetik B2 (P ≤ 0.05). Pengujian resistansi terhadap
antibiotik golongan karbapenem menunjukkan 10.34% (6/58) isolat resistan dan
22.41% (13/58) intermediate terhadap imipenem, serta keseluruhan isolat sensitif
terhadap meropenem. Hasil deteksi karbapenemase menunjukkan isolat resistan
dan intermediate terhadap antibiotik imipenem termasuk dalam serin
karbapenemase. Tidak ditemukan adanya ekspresi gen penyandi karbapenemase
blaKPC dan blaNDM pada isolat resistan dan intermediate tersebut. Keberadaan isolat
E. coli patogen yang memiliki gen virulen marka APEC yang berada dalam
plasmidnya, membuktikan bahwa rantai suplai daging ayam berpotensi sebagai
reservoir gen virulen ExPEC pada manusia. Ditemukannya isolat yang resistan
terhadap kolistin dan imipenem merupakan alarm yang penting bagi kesehatan
masyarakat dan hewan.
Collections
- MT - Veterinary Science [911]