Komunitas Aktinobakteri di Tanah Perkebunan Kelapa Sawit PTPN VI Jambi Berdasarkan Sekuens Amplikon Gen 16S rRNA.

Abstract

Peningkatan produksi kelapa sawit di Indonesia mendorong adanya perluasan lahan untuk perkebunan kelapa sawit. Sebagian besar lahan hutan dataran rendah di Pulau Sumatra telah diubah menjadi lahan perkebunan kelapa sawit (monokultur Elaeis guineensis). Hal tersebut berdampak pada komposisi komunitas dan keragaman serta perubahan aktivitas mikrob di tanah. Selain itu, dalam sistem perkebunan kelapa sawit di PT Perkebunan Nusantara (PTPN) VI Jambi Sumatra tidak terlepas dari penggunaan pupuk Nitrogen, Fosfor, Kalium (NPK) dan herbisida glifosat, yang diduga turut berpengaruh terhadap aktivitas mikrob tanah termasuk aktinobakteri. Penelitian ini dilakukan untuk menganalisis dan mengeksplorasi keragaman dan komunitas aktinobakteri asal tanah PTPN VI Jambi Sumatra serta kaitannya dengan pengaruh pupuk dan herbisida yang digunakan dalam sistem perkebunan, berdasarkan gen 16S rRNA (ribosomal Ribose Nucleic Acid) menggunakan analisis metagenomik dengan teknik amplicon sequencing. Sekuensing daerah hypervariable V3 dan V4 dari gen 16S rRNA dilakukan dengan menggunakan next-generation sequencing (NGS). Penggunaan primer 16S rRNA spesifik aktinobakteri telah berhasil mengamplifikasi gen 16S rRNA aktinobakteri yang terdapat pada sampel tanah. Keragaman aktinobakteri pada 80 sampel tanah yang terbagi menjadi 4 macam sampel tanah (terdapat 4 macam perlakuan yang berbeda, masing-masing diambil sebanyak 5 ulangan dari 4 coreplots yang berbeda) tidak berbeda signifikan. Struktur komunitas aktinobakteri pada 4 macam sampel tanah memiliki pola yang sama. Struktur komunitas aktinobakteri pada 4 macam sampel tanah didominasi oleh ordo Frankiales. Kelimpahan ordo Micromonosporales, IMCC26256, Microtrichales, Micrococcales, Corynebacteriales, OTU-97-2, Streptomycetales, Propionibacteriales, dan Kineosporiales pada 4 macam sampel tanah juga menunjukkan pola yang sama. Struktur komunitas dan keragaman aktinobakteri tanah tidak dipengaruhi secara signifikan oleh interaksi antara penggunaan pupuk NPK dan perbedaan teknik penyiangan. Selain itu, penggunaan pupuk NPK mempengaruhi kelimpahan ordo Kineosporiales secara signifikan. Kelimpahan Kineosporiales berbanding lurus terhadap konsentrasi pupuk NPK yang diaplikasikan dalam sistem perkebunan kelapa sawit. Interaksi antara penggunaan pupuk NPK dan teknik penyiangan dengan herbisida glifosat dalam sistem perkebunan kelapa sawit tidak berdampak terhadap struktur komunitas maupun keragaman aktinobakteri tanah.