| dc.description.abstract | Penyakit busuk bulir padi oleh bakteri Burkholderia glumae yang
menunjukkan insidensi dan keparahan penyakit yang terus meningkat beberapa
tahun terkahir, perlu diwaspadai termasuk di Jawa Barat sebagai salah satu sentra
produksi padi nasional. Penyakit ini dikategorikan sebagai emerging infectious
disease (EID) yang memiliki karakteristik meningkatnya insidensi, sebaran
geografis, dan berubahnya patogenisitas dalam waktu singkat. Bioekologi B.
glumae sebagai patogen penting untuk dikaji lebih lanjut, salah satunya sebagai
dasar pengambilan keputusan dalam pengelolaan penyakit. Penelitian ini
bertujuan untuk mengetahui insidensi, keparahan penyakit, kelimpahan bakteri,
identitas, keragaman bakteri B. glumae di Provinsi Jawa Barat dan pengaruhnya
terhadap kehilangan hasil pada beberapa varietas padi. Pengamatan dan
pengambilan sampel dilakukan di 9 kabupaten penghasil padi di Jawa Barat yang
dikelompokkan berdasarkan 3 kategori ketinggian tempat yaitu kategori 1 (0 –
200 m dpl) meliputi Karawang, Subang, Indramayu, dan Majalengka; kategori 2
(201 – 500 m dpl) meliputi Kota Bogor, Cianjur, dan Purwakarta; kategori 3 (˃
500 m dpl) meliputi Purwakarta, Sumedang, dan Sukabumi.
Data insidensi dan keparahan penyakit diperoleh dari hasil pengamatan 30
rumpun tanaman padi per varietas per lokasi. Bakteri diisolasi dari bulir padi yang
bergejala busuk bulir, kemudian dihitung kelimpahannya, dan dilakukan uji
biokimia dan fisiologi yang meliputi uji Gram serta uji pertumbuhan pada pH 4, 8,
dan NaCl 2%. Primer spesifik JLBgF/JLBgR dan primer universal 16S rRNA,
yaitu 27F/1492R dalam PCR digunakan untuk menentukan identitas bakteri
secara molekuler. Variasi fenotipik diamati dari warna koloni pada media S-PG,
produksi toksoflavin, respons hipersensitivitas pada daun tembakau, dan uji
patogenisitas pada tanaman padi. Keragaman genotip dianalisis dari keberadaan
plasmid, keragaman sikuen nukleotida gen 16S rRNA menggunakan program
Mega-X dengan metode neighbour joining tree, dan situs pemotongan enzim AluI,
DdeI, RsaI secara in silico dengan program pDraw 32 dilanjutkan pengelompokan
bakteri menggunakan metode nearest neighbor dengan program Multivariate
Statistical Package (MVSP).
Hasil penelitian menunjukkan insidensi penyakit di lapangan berkisar antara
0 – 73.3%, sedangkan keparahan penyakit berkisar 0 – 15.33%. Kelimpahan
bakteri pada bulir padi yang bergejala berkisar antara 3.9 x 104 – 6.8 x 107 cfu/g
benih. Insidensi dan keparahan penyakit tertinggi di Kecamatan Dawuan
(Karawang) pada Varietas Mekongga. Berdasarkan hasil uji biokimia, fisiologi,
dan molekuler diperoleh 29 isolat yang terkonfirmasi sebagai B. glumae. Hasil
pengamatan fenotipik menunjukkan adanya keragaman 29 isolat bakteri.
Berdasarkan pengamatan tipe koloni, sebanyak 10 isolat tergolong koloni tipe A,
19 isolat tipe B; Hasil uji produksi toksoflavin, 25 isolat menghasilkan
toksoflavin, 4 isolat tidak menghasilkan toksoflavin; Pengujian respons
hipersensitifitas terhadap daun tembakau menunjukkan bahwa 29 isolat mampu
menimbulkan hasil positif pada daun tembakau, sedangkan dari uji patogenisitas
terhadap tanaman padi, 29 isolat menimbulkan gejala hawar pada bibit tanaman
padi. Berdasarkan analisis keragaman genotip 29 isolat tersebut, 27 isolat
memiliki 1 plasmid dan 2 isolat memiliki 2 plasmid. Analisis keragaman dengan
metode neihgbour joining tree menunjukkan bahwa isolat-isolat dari Jawa Barat
tersebut memiliki kedekatan secara genetis. Mayoritas isolat-isolat tersebut
mengelompok berdekatan dan hanya isolat KRCH-2 asal Karawang dan INCH-6
asal Indramayu yang memiliki kedekatan dengan B. glumae asal China dan
Amerika. Hal ini menjadi salah satu bukti bahwa bakteri B. glumae yang ada di
Jawa Barat sebagian besar merupakan bakteri asli Indonesia. Berdasarkan situs
pemotongan enzim restriksi AluI, DdeI, RsaI, secara in silico pada sikuen gen 16S
rRNA, bakteri terbagi menjadi 11 kelompok. Hasil uji in planta 9 isolat bakteri
terhadap 10 varietas padi, menunjukkan kehilangan hasil yang bervariasi.
Kehilangan hasil berkisar antara 18.08% (Varietas Cisadane perlakuan KRIR32-1)
hingga 76.9% (Varietas Inpari 19 perlakuan BOIR-1).
Penelitian ini diharapkan dapat memberikan informasi mengenai biologi,
ekologi, dan keragaman B. glumae di Provinsi Jawa Barat. Penelitian ini juga
memberikan informasi baru mengenai pengaruh B. glumae terhadap kehilangan
hasil pada beberapa varietas padi yang selanjutnya dapat digunakan untuk
menyusun strategi pengendalian penyakit busuk bulir padi. | id |
