Identifikasi Nematoda Puru Akar (Meloidogyne spp) dengan DNA Barcode

Abstract

Identifikasi Nematoda Puru Akar (NPA) di Indonesia saat ini hanya didasarkan pada karakter morfologis. Identifikasi nematoda berdasarkan karakter morfologis membutuhkan akurasi tinggi dan perlu didukung oleh hasil identifikasi molekuler menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR). Oleh karena itu perlu dikembangkan metode identifikasi menggunakan karakter molekuler yang berasal dari gen sitokrom oksidase 1 (CO1). Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi NPA yang terkait dengan tanaman bit berdasarkan gen CO1 Meloidogyne. Sampel bit diperoleh dari lahan pertanian yang terletak di Kecamatan Cipanas, Kabupaten Cianjur. Pengambilan sampel dilakukan dengan metode purposive sampling. Identifikasi molekuler dengan PCR termasuk ekstraksi, amplifikasi, elektroforesis DNA, dan analisis sekuens nukleotida dan asam amino. Analisis sekuensing dilakukan dengan BLAST, ClustalW, DNA baser assembler dan Mega v.7.0. Amplifikasi DNA dilakukan dengan menggunakan primer spesifik CO1SIF (5-'GCCTGCATTTGGTTAG-3 ') dan CO1SIR (5’-TCAAACCAGTCCT-3’), CO1SAF (5’-GGGTACTGGATGAACA TTA-3’) dan CO1SAR (5’-ACTTCAGGATGACCAAA-3’). Amplifikasi DNA menghasilkan fragmen M. arenaria 360 bp dan fragmen M.incognita 326 bp. Homologi nukleotida dan asam amino M. arenaria Indonesia menunjukkan 100% dengan isolat AS, Jerman, Vietnam dan 73,4% dengan outgroup H.glycines (homologi nukleotida), 75,3% (homologi asam amino). Homologi nukleotida dan asam amino M. incognita Indonesia menunjukkan 100% dengan Jerman, Inggris, Afrika Selatan, dan, Vietnam. Homologi 99,8% dengan isolat AS. Homologi asam amino menunjukkan 99% dengan Jerman, Inggris, Afrika Selatan, Vietnam, dan AS, dengan outgroup H.glycines (homologi nukleotida 74%, asam amino 73,9%).