Pengembangan Marka Single Nucleotide Amplified Polymorphism (SNAP) terkait Ketahanan Kakao terhadap Penyakit Busuk Buah Kakao (BBK).

Abstract

Perkebunan kakao di Indonesia mayoritas dikelola oleh petani dengan sentra produksi di Sulawesi. Masalah utama kakao di Indonesia yaitu serangan jamur Phytophthora palmivora yang menyebabkan penyakit Busuk Buah Kakao (BBK). Penyakit ini dapat menyebabkan penurunan produksi mencapai 50%. Pengendalian BBK terus dilakukan dengan merakit varietas unggul baru kakao tahan BBK. Perakitan tanaman unggul membutuhkan plasma nutfah yang telah teridentifikasi ketahanannya terhadap BBK. Identifikasi dapat dilakukan dengan pengamatan langsung terhadap infeksi jamur P. palmivora dan dengan berbantuan marka molekuler. Pada penelitian ini identifikasi ketahananan tanaman kakao terhadap BBK dilakukan dengan menggunakan metode cakram daun dan marka Single Nucleotide Amplified Polymorphism (SNAP). Marka SNAP dikembangkan berdasarkan hasil analisa metode cakram daun. Hasil pengujian cakram daun mengelompokkan klon Sca 6 ke dalam kelas sangat tahan, Sul 1 dan Sul 2 (tahan), MCC 02 (agak tahan), DRC 16 (rentan) dan DR 1 (sangat rentan). Klon Sca 6 merupakan klon yang paling tahan BBK, tetapi masih terdapat titik penetrasi dengan skor resistensi 0.1. Bercak infeksi jamur pada kedua klon ini tidak mengalami peluasan. Hal ini diduga karena mekanisme ketahanan pascapenetrasi yang menghambat perkecambahan jamur. Empat gen (Cat 1, Cat 2, Pto dan HbPR-1) telah dilaporkan terkait dengan mekanisme ketahanan terhadap infeksi P. Palmivora. Gen Catalase 1, 2 berhubungan dengan Pathogenesis Related Protein (PR protein) 9, gen Pto berfungsi menghasilkan PR-2 dan 5, sedangkan gen HbPR-1 mensintesis PR-1. PR protein adalah protein yang disandikan dari suatu gen untuk membatasi pertumbuhan, perkembangan dan perbanyakan patogen dalam tanaman. Isolasi gen Cat 1, Cat 2 dan Pto dari tanaman kakao dilakukan dengan menggunakan primer spesifik sedangkan gen HbPR-1 menggunakan degenerate primer. Berdasarkan penjajaran sekuen dari isolasi gen diperoleh sepuluh situs SNP yang membedakan klon kakao sangat tahan BBK dengan kelas lainnya. Situs SNP yang teridentifikasi di desain menjadi marka molekuler SNAP. Berdasarkan validasi marka SNAP, primer Cat1-71 memvisualisasikan tingkat ketahanan kakao sama dengan uji cakram daun. Primer ini memiliki situs SNP dengan varian nukleotida (C/T) pada nomor urut basa 71 dengan mentranslasikan asam amino leusina menjadi fenilalanina. Aplikasi Primer Cat1-71 pada 16 genotipe kakao hibrida berhasil mengelompokkan kakao kedalam kelas tahan, moderat dan tidak tahan busuk buah.