Mendeteksi Serotyping Salmonella Hadar, S. Typhimurium, dan S. Enteritidis menggunakan Real Time Polymerase Chain Reaction.

Abstract

Kontaminasi Salmonella pada produk pangan seperti karkas ayam perlu diwaspadai, sehingga diperlukan metode cepat dan akurat deteksi Salmonella untuk memonitornya. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh konsentrasi primer dan kondisi optimum PCR, mengevaluasi spesifisitas primer, menentukan limit deteksi untuk mendeteksi Salmonella pada karkas ayam menggunakan real time polymerase chain reaction (rt-PCR). Tahapan penelitian yaitu ekstraksi DNA, optimasi kondisi rt-PCR, konfirmasi spesifisitas dan limit deteksi, serta uji coba pada sampel. Pengujian dengan rt-PCR diawali dengan denaturasi awal pada 95 oC selama 1 menit diikuti dengan 35 siklus yang terdiri dari 15 detik denaturasi pada 95 oC, 30 detik annealing pada 52 oC, 35 detik ekstensi pada 72 oC dan ekstensi akhir pada 72 oC selama 5 menit. Kemudian dilanjutkan dengan tahap melting dengan transisi suhu 60-90 oC dengan laju 0.5 oC/detik. Primer yang digunakan untuk mendeteksi keberadaan Salmonella spp. adalah InvA119 yang spesifik sampai siklus ke-30, untuk S. Typhimurium adalah STM311 yang spesifik sampai siklus ke-25, dan untuk S. Enteritidis adalah Prot6E yang spesifik sampai siklus ke-22. Limit deteksi dengan konsentrasi primer 0.5 μM berdasarkan konsentrasi DNA untuk ketiga target gen tersebut berturut-turut sebesar 0.0002, 0.022, dan 0.218 ng atau setara dengan 3.8 x 101, 4.1 x 103, dan 2.6 x 104 sel per mL.