Deteksi Salmonella spp., S. Typhimurium dan S. Enteritidis Menggunakan Multiplex Real-Time Polymerase Chain Reaction (PCR).

Abstract

Salmonella merupakan salah satu bakteri patogen yang banyak ditemui di pangan khususnya serotipe S. Typhimurium dan S. Enteritidis. Pangan yang paling rentan terkontaminasi Salmonella adalah daging unggas terutama karkas ayam. Metode untuk mendeteksi keberadaan Salmonella dengan multiplex real-time Polymerase Chain Reaction (rt-PCR) dibutuhkan agar deteksi lebih cepat dan efisien. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan metode deteksi dan serotyping cepat Salmonella spp. dengan menggunakan multiplex rt-PCR. Tahapan penelitian yaitu ekstraksi DNA, optimasi konsentrasi primer, uji spesifisitas dan limit deteksi, pembuatan kurva standar, dan uji coba pada karkas ayam. Ekstraksi DNA dilakukan dengan menggunakan metode lisis sel. Kemurnian hasil ekstraksi DNA Salmonella yaitu 1.84-1.93 (371.30-985.00 ng/μL). Primer yang digunakan yaitu InvA119 untuk mendeteksi Salmonella spp., STM523 untuk mendeteksi S. Typhimurium, dan Prot6E untuk mendeteksi S. Enteritidis. Konsentrasi primer optimum yaitu 0.3 μM untuk InvA119, 0.6 μM untuk STM523, dan 0.1 μM untuk Prot6E. Limit deteksi untuk setiap target gen secara berturut-turut yaitu 0.00288, 0.02200, dan 0.00218 ng/μL dengan jumlah sel 1.9x102, 4.1x103, dan 2.1x102 sel. Jika dilakukan secara multiplex maka konsentrasi limit deteksi sebesar 0.00727 ng/μL akan tetapi tidak dapat diketahui konsentrasi dari masing-masing serovar Salmonella sehingga jumlah sel terendah tidak dapat dihitung. Nilai R2 dari kurva standar yang dihasilkan dari pengujian secara multiplex rt-PCR berkisar antara 0.7-0.8 sehingga tidak valid jika digunakan untuk kuantifikasi.