Differensiasi Tipe Sapi Madura berdasarkan Karakter Morfologi dan Variasi Nukleotida pada Gen DRD1

Abstract

Sapi madura berdasarkan kebudayaan masyarakat Madura dibedakan menjadi tiga tipe, yaitu sapi karapan (sapi turnamen balap), sapi sonok (kontes kecantikan), dan sapi pedaging. Ketiga tipe sapi tersebut belum bisa dibedakan secara langsung berdasarkan karakter morfologinya. Penelitian ini bertujuan untuk membandingkan kedua tipe sapi tersebut berdasarkan kecenderungan karakter morfologi dan menganalisis variasi nukleotida gen Dopamine receptor D1 (DRD1) pada sapi karapan, sapi sonok, dan sapi pedaging. Perubahan pada urutan nukleotida dari coding sequence (CDS) dapat menyebabkan gangguan dalam mengatur ekspresi gen DRD1 yang mempengaruhi agresivitas atau kejinakan. Wawancara dan studi literatur digunakan untuk menentukan karakteristik yang akan diamati. Delapan belas karakter diamati pada 154 ekor sapi karapan dan 136 ekor sapi pedaging. Data karakter morfologi diubah ke dalam data biner yang digunakan sebagai input dalam principal component analysis (PCA) menggunakan R 3.3.3. Hasil analisis menunjukkan bahwa seluruh sampel yang diamati mengelompok menjadi dua kelompok. Pengelompokan ini dipengaruhi oleh nilai varian dari dua komponen utama, yaitu karakter intensitas rambut di daun telinga dan warna rambut yang dominan. Sepuluh sampel darah sapi karapan, tiga sampel saliva sapi sonok, dan sepuluh sampel darah sapi pedaging digunakan dalam analisis variasi nukleotida pada ruas CDS gen DRD1. Sampel dengan tipe sapi yang sama digabungkan (pooled) dan disekuensing secara bersamaan. Hasil analisis menunjukkan bahwa sapi karapan memiliki variasi nukleotida pada G357A, T832C, T867C, dan A931C, sapi sonok memiliki variasi nukleotida pada C865T dan C867T, serta sapi pedaging pada A67C. Hal ini menunjukkan bahwa variasi nukleotida pada CDS gen DRD1 dapat dijadikan pembeda antara ketiga tipe sapi madura.