Karakterisasi Gen hdc Pengkode Histidin Dekarboksilase Isolat Bakteri Ikan Tongkol dan Tenggiri dengan Metode Berbasis PCR

Abstract

Ikan tongkol (Euthynnus sp.) dan tenggiri (Scomberomorus commersonii) merupakan jenis ikan yang berasal dari famili Scombridae sehingga berpotensi menimbulkan Scombrotoxin. Informasi genetika dari sejumlah bakteri yang diduga memiliki histidin enzim dekarboksilase untuk pendeteksian histamin sejak dini diperlukan sebagai langkah awal untuk mewujudkan marka molekuler serta alat pendeteksi histamin sejak dini dalam bentuk kit. Tujuan penelitian ini adalah memperoleh isolat bakteri yang berpotensi menghasilkan enzim histidin dekarboksilase pada ikan tongkol dan tenggiri; memperoleh ekstrak genom DNA bakteri dari isolat ikan tongkol dan tenggiri; karakterisasi molekuler isolat bakteri dari ikan tongkol dan tenggiri; serta karakterisasi gen pengkode histidin dekarboksilase pada isolat DNA bakteri. Penelitian ini terdiri dari beberapa tahapan, yaitu isolasi dan karakterisasi bakteri dengan menggunakan metode cawan gores dan pewarnaan Gram, ekstraksi DNA bakteri dengan metode CTAB 10%, pengukuran konsentrasi DNA menggunakan spektrofotometer, amplifikasi DNA dengan teknik PCR, elektroforesis, dan uji formalin. Hasil penelitian menunjukkan bahwa isolat bakteri yang berasal dari bahan baku merupakan kelompok bakteri Gram negatif dengan bentuk umum batang, hanya satu sampel yang berbentuk bulat (TL 6B). Konsentrasi DNA bakteri yang diperoleh berkisar antara 48-1488 μg/ml dengan rasio 1,67-2,34. Hasil visualisasi produk PCR dengan primer 106 dan 107 menunjukkan hasil negatif, sehingga memperkuat dugaan bahwa bahan baku (ikan) yang digunakan mengandung formalin.