Identifikasi Rajungan Spesies Portunus Pelagicus Menggunakan Metode Field-Based DNA Extraction Dan Amplifikasi Isotermal

Abstract

Produksi rajungan yang tinggi mendorong penerapan standar ketat terhadap bahan baku pada produk rajungan kaleng, terutama terkait masalah kesalahan label pada produk makanan. Metode DNA barcoding dapat menjadi solusi untuk mengidentifikasi bahan baku rajungan, namun metode tersebut tidak dapat dilakukan tanpa peralatan canggih laboratorium. Pengembangan metode analisis berbasis DNA yang dapat dilakukan di lapangan menjadi hal yang sangat penting untuk dilakukan. Penelitian ini bertujuan merancang primer spesifik untuk spesies P. pelagicus menggunakan marka gen COI serta mengoptimalkan amplifikasi waktu dan suhu menggunakan metode LAMP kolorimetri. Metode penelitian meliputi konfirmasi spesies target, Multiple Sequence Alignment (MSA), desain dan evaluasi primer, serta uji coba secara in-vitro set primer P. pelagicus. Primer terbaik yang dihasilkan adalah primer spesifik yang dapat mengamplifikasi sampel rajungan segar dan produk rajungan kaleng dengan metode field-based DNA extraction selama 30–60 menit pada suhu 65 ?.