Aplikasi Metode Isolasi DNA Berbasis Dipstick untuk Metode Point of Care pada Berbagai Komoditas dan Produk Hasil Perikanan

Abstract

Komersialisasi produk perikanan kian meningkat dan jenisnya beragam sehingga menyebabkan ciri-ciri morfologi spesies menghilang dan sulit untuk diidentifikasi. Metode DNA barcoding menjadi yang paling efisien untuk mengidentifikasi, namun memerlukan alat khusus dan teknisi berpengalaman. Metode dipstick menjadi alternatif isolasi yang lebih murah dan efisien. Penelitian bertujuan menentukan kualitas dan kuantitas DNA dari berbagai produk perikanan yang diisolasi menggunakan metode dipstick serta mengevaluasi efisiensinya dengan berbagai metode amplifikasi. Penelitian dilakukan dengan mengisolasi DNA menggunakan metode dipstick, pengujian amplifikasi dengan PCR konvensional, qPCR, LAMP, serta analisis data. Gabungan isolasi dipstick dengan PCR konvensional mengidentifikasi 2 dari 6 spesies dan 1 produk bola udang dengan kualitas yang kurang baik. Kombinasi isolasi dipstick dengan qPCR berhasil mengidentifikasi spesies Carcharinus spp. dan Prionace glauca dengan nilai Ct cenderung lebih tinggi. Isolasi dipstick dengan LAMP berhasil mendeteksi spesies Carcharinus falciformis, Rhyncobatus australiae, dan Sphyrna lewini serta menjadi kombinasi dengan biaya yang murah dan waktu yang paling singkat.