Filogenetik Isolat Salmonella spp. Asal karkas Ayam di Pasar Tradisional Berdasarkan Sekuen Gen 16s rRNA

Abstract

Daging ayam rentan terhadap bahaya biologis, umumnya mikroba yang dapat memengaruhi kesehatan konsumen, salah satunya yiatu Salmonella spp. Kontaminasi Salmonella spp. masih banyak ditemukan pada karkas ayam terutama yang dijual di pasar tradisional. Identifikasi cemaran Salmonella spp. sampai ketingkat serovar perlu dilakukan untuk mengetahui kekerabatannya. Metode yang dilakukan yaitu dengan polymerase chain reaction (PCR) berdasarkan sekuen gen 16s rRNA. Penelitian dilakukan dalam beberapa tahap, yaitu identifikasi Salmonella spp. dengan metode ISO 6579:2015, konfirmasi koloni spesifik Salmonella spp. menggunakan API 20E, analisis menggunakan PCR target gen 16s rRNA, serta sekuensing DNA Salmonella spp. dan pembuatan pohon filogenetik. Hasil BLAST menunjukan bahwa semua sampel pada panjang sekuens 403 bp memiliki kemiripan 100% dengan Salmonella enterica subsp enterica banyak serovar, sedangkan hasil BLAST pada panjang sekuens 1401 bp, dua dari lima sampel, MB1 dan MB3 memiliki kemiripan dengan serovar Typhimurium, dan terkonfimasi sebagai S.Typhimurium dengan menggunakan primer STM449. Hasil pohon filogenetik sekuens penuh (1401 bp) menunjukan keragaman antar isolat Salmonella spp., yang ditunjukan dengan banyaknya cabang pada pohon filogenetik, sedangkan sekuens parsial (403 bp) tidak menunjukan keragaman, hanya dapat dikelompokkan menjadi dua kelompok. Penggunaan target gen 16s rRNA sekuen penuh akan lebih baik jika dibandingkan dengan penggunaan target gen 16s rRNA sekuens parsial.