Filogenetik Isolat Salmonella spp. Asal Karkas Ayam Swalayan Berdasarkan Sekuen Gen 16S rRNA

Abstract

Salmonella spp. bersifat patogen dan menjadi agen yang paling sering menyebabkan food borne disease. Infeksi Salmonella spp. dapat menyebabkan salmonellosis yang mengganggu saluran cerna dan mengakibatkan kematian. Salah satu produk unggas yang rentan terkontaminasi Salmonella spp. adalah karkas ayam. Penelitian ini bertujuan mendeteksi keragaman profil cemaran Salmonella spp. pada karkas ayam yang dijual di swalayan dan kekerabatannya dalam pohon filogenetik dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) dan sekuensing berdasarkan gen 16S rRNA. Penelitian ini dilakukan dengan tahap identifikasi Salmonella spp. menggunakan metode ISO 6579:2015 dan Api Tes Kit 20 E, analisis Salmonella spp. dengan PCR, dan tahap sekuensing DNA Salmonella spp. hingga pembuatan pohon filogenetik. Hasil penelitian menunjukkan bahwa sebanyak 62.5% sampel karkas ayam teridentifikasi terkontaminasi Salmonella spp.. Sekuen SB1, SB3, SB4, SB7, dan SB8 teridentifikasi sebagai Salmonella enterica subspesies enterica. Pohon filogenetik sekuen panjang yaitu 1401 bp memiliki struktur pohon yang dapat menghasilkan pengelompokan isolat Salmonella spp. dalam berbagai clade. Salmonella SB1 dan SB3 teridentifikasi memiliki kemiripan dengan Salmonella serovar Worthington, Indiana, Newport, Dublin, Enteritidis, dan Derby. Sedangkan Salmonella SB4 dan SB7 teridentifikasi memiliki kemiripan dengan Salmonella serovar Sandiego, Stanley, Typhi, Infantis, dan London. Salmonella SB8 memiliki kemiripan dengan Salmonella serovar Muenster, Montevideo, dan Rubislaw.