Deteksi Salmonella Typhimurium Menggunakan Real-Time Polymerase Chain Reaction dengan Fluoresens-probe

Abstract

Salmonella enterica serovar Typhimurium (S. Typhimurium) merupakan salah satu bakteri patogenik yang mengontaminasi karkas ayam. Deteksi S. Typhimurium pada karkas ayam dapat dilakukan menggunakan polymerase chain reaction (PCR) standar maupun real-time PCR (rt-PCR). Namun demikian, penggunaan PCR standar membutuhkan tahap pengayaan dan data yang diperoleh bersifat kualitatif. Perhitungan jumlah sel bakteri dapat dilakukan menggunakan rt-PCR. Penggunaan SYBR Green sebagai fluoresens pada rt-PCR memiliki nilai sensitivitas sedikit lebih tinggi dari PCR standar tanpa pengayaan. Fluoresens-probe dapat digunakan untuk meningkatkan spesifisitas dan sensitivitas rt-PCR. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi spesifisitas primer dan fluoresens-probe, mengevaluasi limit deteksi, efisiensi, dan membuat kurva standar, serta uji coba aplikasi metode deteksi S. Typhimurium pada karkas ayam menggunakan rt-PCR yang merupakan bagian dari validasi metode. Penelitian ini terdiri dari tiga tahapan uji yaitu evaluasi spesifisitas primer secara in silico dan in vitro menggunakan fluoresens-probe dan SYBR Green, evaluasi limit deteksi, serta aplikasi metode pada sampel karkas ayam. Penggunaan primer dengan fluoresens-probe bersifat spesifik terhadap deteksi S. Typhimurium dan tidak menunjukan terjadinya amplifikasi DNA pada Escherichia coli, Shigella dysenteriae, Salmonella Hadar, dan Salmonella Enteritidis. Deteksi S. Typhimurium dapat dilakukan pada konsentrasi DNA terendah yaitu 0.0022 ng atau setara dengan 102 sel. Deteksi Salmonella pada sampel karkas ayam dari pasar swalayan menunjukan bahwa 5 dari 10 sampel terkontaminasi S. Typhimurium sejumlah 102–103 sel dan 6 dari 10 sampel terdeteksi Salmonella spp. sejumlah 102–103 sel. Adapun 10 dari 10 sampel karkas ayam dari pasar tradisional tidak terkontaminasi S. Typhimurium, namun 3 dari 10 sampel terkontaminasi Salmonella spp. sejumlah 103 sel.