Analisis gen selubung protein chili veinal mottle potyvirus dari beberapa daerah di Indonesia

Abstract

Variasi gejala dan tingkat virulensi yang berbeda berhasil diperoleh dari isolat ChiVMV yang berasal dari Jawa Barat, Jawa Tengah, Jawa Timur, Kalimantan Selatan, Sumatera Barat dan Aceh Tengah. Variasi tersebut mengindikasikan adanya keragaman dari keenam isolat ChiVMV. Penelitian lanjutan dilakukan untuk mengetahui keragaman genetik berdasarkan runutan nukloetida gen penyandi selubung protein (CP0ChiVMV) isolat-isolat ChiVMV dari berbagai lokasi penanaman cabai di Indonesia. Isolat dan penurutan nukleotida gen CP-ChiVMV dilakukan dengan menggunakan primer spesifik ChiVMV F Ind dan ChiVMV R Ind. Analisis runutan nukleotida gen CP-ChiVMV enam isolat tersebut menunjukkan tingkat kesamaan 87% hingga 99% dengan tingkat keragaman berkisar 0,02% hingga 1.48%. Analisis runutan asam amino gen CP-ChiVMV menunjukkan tingkat kesamaan antar isolat-isolat ChiVMV berkisar antara 85 sampai 99%. Analisis lebih Ianjut pacta motif asam amino gen CP-ChiVMV menunjukkan bahwa motif octapeptide telah termutasi menjadi LSGQVQPQSRQSEMETEVPQVR pacta ChiVMV CKB dan menjadi RMETFGLDGRVGTQEEOTERHT pacta CP-ChiVMV lainnya. Perbedaan Iainnya terjadi pacta daerah asam amino nomor 61 dan 84, di mana ChiVMV BL dan KR kehilangan sekuen MET dan mengalami mutasi GG menjadi KV Analisis filogenetika, berdasarkan nukleotida maupun asam amino gen CP-ChiVMV menunjukkan bahwa keenam isolat dapat dibedakan menjadi tiga kelompok. lsolat ChiVMV KR dan ChiVMV BL berada dalam satu kelompok dengan isolat Pataruman (Gene Bank No. aksesi OQ854961), sedangkan isolat ChiVMV CKB satu kelompok dengan Cikabayan 2 (GeneBank No. aksesi OQ854960), kelompok tiga terdiri dari isolat ChiVMV TO, ChiVMV NI dan ChiVMV GB berada pacta kelompok yang sama dengan isolat ChiVMV Taiwan (GeneBank No. aksesi OQ854948). Analisis gen CP yang dilakukan menunjukkan adanya keragaman genetik antar isolat ChiVMV walaupun variasi gejala tidak terlalu besar.