Amplified fragment length polymorphism-based genetic diversity cultivated and weedy rye (Secale cereale l.) accessions

Abstract

Informasi tentang keanekaragaman genetika dalam suatu jenis tanaman pangan dan kekerabatan dengan tanaman liarnya adalah penting sebagai dasar dalam program pemuliaan tanaman untuk mendisain perbaikan tanaman. Pengetahuan tersebut juga berperan penting bagi para pemulia tanaman sebagai dasar untuk membuat keputusan dalam rangka mengorganisasi sumber daya genetika tanaman, perlindungan varietas, dan juga evaluasi genetika. Penanda Amplified fragment length polymorphism (AFLP) merupakan penanda molekular yang memiliki beberapa kelebihan dibandingkan penanda lain, antara lain memiliki jumlah data yang dihasilkan lebih banyak, data stabil, dan tidak memerlukan informasi sekuen terlebih dahulu. Penanda ini sudah banyak digunakan untuk mengevaluasi keanekaragaman genetika dan kekerabatan tumbuhan, dan hasilnya lebih baik dari penanda lain seperti RAPD, ITS, dan RFLP. Rye (Secale cereale L.) terdiri dari gulma setahun, allogamous setahun dan tanaman self-incompatible yang tersebar luas di daerah beriklim sedang dan daerah subtropik. Gulma rye umumnya ditemukan di sekitar daerah pertanian dan tempat-tempat terbuka di Asia Tengah dan Asia Tenggara. Pengetahuan rinci tentang keanekaragaman genetika dan kekerabatan antara aksesi dalam koleksi rye sangat penting khususnya dalam program perbaikan tanaman rye dan triticale. Namun demikian sejauh ini belum ada penelitian yang mengevaluasi keanekaragamaannya dalam skala dunia. Tulisan ini melaporkan hasil evaluasi keanekaragaman genetika dan kekerabatan di dalam tanaman rye budidaya dan rye gulma kerabatnya yang berasal dari berbagai wilayah di dunia menggunakan penanda AFLP. Biji-biji dari 114 aksesi rye budidaya dan 9 aksesi gulma rye diperiksa dengan sembilan kombinasi primer AFLP (PACA-MAAC, PACA-MACT, PACA-MATC, PACAMCCA, PAGT-MAAC, PAGT-MACG, PAGT-MAGA, PAGT-MCTG, and PAGT-MATG). Rye budidaya berasal dari banyak Negara mewakili sembilan wilayah yaitu Eropa Utara, Eropa Tengah. Ekstrasi DNA menggunakan metode CTAB, dan analisa AFLP menggunakan metode yang dikembangkan Vos et al. (1995). Struktur dan keanekaragaman genetika rye dianalisa menggunakan Wright’s F-test. Jarak genetik dihitung berdasarkan Nei and Li (1979). Analisa kekerabatan dan koordinat dilakukan menggunakan software NTSYS-PC (Numerical Taxonomy SYStems) version 2.10.