Analisis Gene Co-expression Network untuk Identifikasi Gen Pengontrol Prengus pada Domba (Ovis Aries).
View/ Open
Date
2019Author
Aditama, Rendy
Kusuma, Wisnu Ananta
Gunawan, Asep
Metadata
Show full item recordAbstract
Analisis marka DNA merupakan bidang kajian bioinformatika yang penting
dan terus berkembang. Marka DNA atau marka molekuler didefinisikan sebagai
sekuens DNA yang spesifik dan lokasinya di kromosom telah diketahui, Marka
DNA dapat digunakan untuk mengidentifikasi gen-gen apa saja yang berkaitan
dengan sifat-sifat tertentu dari suatu individu. Salah satu analisis marka DNA
yang banyak digunakan adalah analisis gene co-expression network yaitu
menganalisis nilai expresi marka DNA berdasarkan co-expression dengan setiap
DNA yang lain. Tujuan dari analisis gene co-expression network adalah untuk
melihat gen yang paling dominan yang berhubungan dengan sifat fenotipe
tertentu.
Prengus merupakan rasa (flavour) dan bau (odour) tak sedap yang terdapat
pada daging domba. Prengus disebabkan oleh asam lemak rantai cabang (BCFA).
Empat senyawa BCFA yang mempengaruhi prengus adalah Skatole, Undecanoic
Acid, 4-Methylphenol, dan 4-Methylnonanoic Acid, di mana Skatole
mempengaruhi rasa (flavour), sedangkan tiga senyawa lainnya mempengaruhi bau
(odour). Prengus mempengaruhi tingkat konsumsi daging domba karena
umumnya konsumen tidak menyukai bau pekat pada daging, sehingga usaha
untuk mereduksi prengus telah lama dilakukan, salah satunya adalah dengan
pemuliaan domba yang secara alami memiliki tingkat prengus rendah. Usaha
pemuliaan domba sudah lama dilakukan secara konvensional dengan banyak
kekurangan seperti tingkat akurasi yang rendah, biaya yang tinggi, dan waktu
proses yang lama. Pemuliaan secara genetik diharapkan dapat mengatasi
kekurangan dari pemuliaan secara konvensional.
Salah satu langkah yang diperlukan untuk pemuliaan genetik adalah
mengidentifikasi gen-gen apa saja yang mempengaruhi sifat-sifat tertentu.
Analisis marka DNA dapat digunakan dalam identifikasi keterkaitan gen-gen
dengan sifat fenotipe, penelitian ini menggunakan gene co-expression network
sebagai metode untuk mengidentifikasi gen-gen apa saja yang berpengaruh kuat
terhadapat sifat prengus dari domba.
Data penelitian berasal dari enam sampel domba, di mana tiga ekor domba
merupakan domba dengan tingkat prengus tinggi, dan tiga ekor lainnya
merupakan domba dengan tingkat prengus rendah. Data genotipe merupakan nilai
gene expression dari 136 gen yang muncul dari proses sequencing dan berkorelasi
terhadap prengus. Adapun fenotipe merupakan profil dari empat senyawa BCFA
dari masing-masing sampel. Penelitian ini dilakukan dengan melakukan proses
clustering. Gen-gen dari data diklaster ke dalam modul-modul untuk
mempersempit pencarian, dari data terbentuk enam klaster yang masing-masing
memiliki nilai korelasi ke sifat fenotipe. Dari klaster tersebut terpilih tiga klaster
yang dominan, dan kemudian terpilih tiga gen yang berpengaruh kuat terhadap
tingkat prengus pada domba.